Christian Schwegler (född 6 juni 1984 i Ettiswil) är en schweizisk fotbollsspelare. Han spelar för Red Bull Salzburg i den österrikiska Bundesliga som försvarare.
Han började med FC Luzern i Swiss Challenge League (2:a divisionen) och gick vidare till Arminia Bielefeld i Tyskland, men efter halva säsongen återvände han till Schweiz. Där spelade han för BSC Young Boys Bern. År 2009 skrev han på för FC Red Bull Salzburg där han spelade regelbundet som högerback. Han är känd för sina långa inkast (upp till 35 meter). under matchen mot SV Mattersburg den 27 mars 2010 sköt han sitt första mål för Salzburg. Under den första halvan av säsongen 2010/11 blev han skadad och kunde inte spela resten av året.
Christian Schwegler har en yngre bror som också är fotbollsproffs och spelar för Eintracht Frankfurt i tyska Bundesliga.