Richard Henderson CH FRS FMedSci (född 19 juli 1945) är en skotsk molekylärbiolog och biofysiker. Han är en pionjär inom elektronmikroskopi av biologiska molekyler. Han delade Nobelpriset i kemi 2017 med Jacques Dubochet och Joachim Frank.

Henderson har arbetat vid Medical Research Council Laboratory of Molecular Biology (MRC LMB) i Cambridge sedan 1973 och var dess chef mellan 1996 och 2006. Han var också gästprofessor vid Miller Institute vid University of California, Berkeley under våren 1993.

Han utarbetade strukturen för bakteriorhodopsin, en molekyl i bakterier. Molekylen fångar energi från ljus och använder den för att flytta protoner ut ur cellen. Detta var den andra atomära modellen någonsin av ett membranprotein. De tekniker som Henderson utvecklade för elektronkristallografi används fortfarande.

Hendersons metoder har bidragit till att lösa strukturerna för flera G-protein-kopplade receptorer (GPCR). De är en stor proteinfamilj av receptorer som upptäcker molekyler utanför cellen. De aktiverar interna signaltransduktionsvägar. Detta leder till cellens reaktioner på molekylerna utanför cellen.