John Michael Bishop (född 22 februari 1936) är en amerikansk immunolog och mikrobiolog. Han delade 1989 Nobelpriset i fysiologi eller medicin med Harold Varmus och var medvinnare av 1984 års Alfred P. Sloanpris. Han är för närvarande aktiv lärare vid University of California, San Francisco.

Bishop är mest känd för sitt Nobelprisbelönade arbete om retrovirala onkogener. I samarbete med Varmus på 1980-talet upptäckte han den första mänskliga onkogenen, c-Src.

Deras resultat visar hur maligna tumörer bildas genom förändringar i en cells normala gener. Dessa förändringar kan orsakas av virus, strålning eller exponering för vissa kemikalier.