John E. Sununu (född 10 september 1964) är en före detta amerikansk senator från New Hampshire och medlem av det republikanska partiet. Han satt i USA:s representanthus från 1997 till 2003. Sununu tjänstgjorde i USA:s senat från den 3 januari 2003 till den 3 januari 2009.
Sununu föddes den 10 september 1964 i Boston, Massachusetts som son till John H. Sununu, tidigare guvernör i New Hampshire. Han studerade vid Massachusetts Institute of Technology och vid Harvard Business School. Han är gift med Kitty Sununu. De har tre barn. Hans bror Chris Sununu är New Hampshires tillträdande guvernör.