Tidig karriär (1995-2000)
Fyra månader efter sin professionella debut nådde Hunter andra omgången i 1995 års brittiska mästerskap genom att besegra världssexan Alan McManus med 9-4. Vid 1996 års Welsh Open nådde han semifinal och besegrade världsmästaren Stephen Hendry i åttondelsfinalen. Samma år nådde han kvartsfinalen i UK Championship, där han slog Willie Thorne 9-0, James Wattana 9-5 och Terry Murphy 9-7, innan han förlorade med 5-9 mot Hendry, som sedan vann tävlingen. Hunter spelade i 1997 års Masters, där han förlorade 1-5 mot Mark Williams i första omgången.
Hunter vann sin första rankingtävling i Welsh Open 1998. Han besegrade Paul Wykes 5-3, Neal Foulds 5-2, Steve Davis 5-3, Nigel Bond 5-4, Alan McManus 5-3 och Peter Ebdon 6-1, innan han besegrade John Higgins 9-5 i finalen. Under finalen låg Hunter under med 2-4 men vann sju ramar av de åtta följande för att vinna matchen. Efter tävlingen nådde han semifinal i 1998 års UK Championship. I slutet av året utsågs han av Snooker Writers Association till "årets unga spelare".
Hunter kvalificerade sig för första gången för att spela i World Snooker Championship 1999, där han förlorade med 8-10 i första omgången mot vinnaren Stephen Hendry. Han slutade säsongen på 12:e plats på världsrankingen 1999-2000 vilket resulterade i automatisk kvalificering till slutskedet av rankingturneringar för första gången.
Han nådde kvartsfinal vid sex tävlingar den följande säsongen. Han blev tvåa i Welsh Open 2001, semifinalist i British Open och Scottish Open samt kvartsfinalist i Grand Prix och China Open.
Masters-mästare (2001-2004)
Vid Masters 2001 slog Hunter Matthew Stevens med 6-5 i första omgången, Peter Ebdon med 6-3 i kvartsfinalen och Stephen Hendry med 6-4 i semifinalen. I finalen mötte Hunter Fergal O'Brien. Han låg under med 3-7, men vann sju av de följande nio ramarna och vann med 10-9. Efter segern kommenterade Hunter att han och hans flickvän hade sex mellan sessionerna när han förlorade med 2-6 och att det hade fått honom att spela bättre.
Han vann även i det följande årets tävling. Han slog Stephen Lee med 6-3 i första omgången, Peter Ebdon med 6-5 i kvartsfinalen och Alan McManus med 6-5 i semifinalen där han mötte Mark Williams i finalen. Hunter förlorade alla de första fem ramarna, men vann matchen med 10-9. Hunter var bara den tredje spelaren att behålla Masters tillsammans med Cliff Thorburn och Stephen Hendry. Hunter vann även sin andra rankingtävling genom att vinna 2002 års Welsh Open och besegra Ken Doherty med 9-2 i finalen, men besegrades med 9-10 i den första omgången av 2002 års världsmästerskap av Quinten Hann. Senare under 2002 vann Hunter sin tredje rankingtävling, British Open genom att besegra Ian McCulloch med 9-4 i finalen. Som regerande Masters-mästare nådde Hunter semifinal i 2003 års tävling, men förlorade med 3-6 mot Mark Williams.
I World Snooker Championship 2003 besegrade han Allister Carter med 10-5, Matthew Stevens med 13-6 och Peter Ebdon med 13-12 för att nå semifinal. I sin semifinal i bäst av 33 ramar skapade Hunter en ledning med 15-9 mot Ken Doherty, men han kunde bara vinna en av de följande nio ramarna och förlorade matchen med 16-17. Matchen visades senare som en "Crucible classic" på BBC under de ursprungliga datumen för världsmästerskapet i snooker 2020 när evenemanget försenades. Trots förlusten fick han för första gången i sin karriär en plats bland de åtta bästa i världen på världsrankingen 2003-2004, efter att ha varit rankad som nummer nio de två föregående säsongerna.
Under 2003-2004 vann Hunter 2004 Masters för tredje gången på fyra år. Hunter låg bakom Ronnie O'Sullivan under matchen med 1-6, 2-7, 6-8 och 7-9 innan han vann de tre sista ramarna för att vinna. Han gjorde fem century breaks i matchen. Hunter nådde också finalen i Players Championship, men förlorade med 7-9 mot Jimmy White. Vid 2004 års Premier League Snooker-evenemang gjorde han karriärens högsta break, en 146:a i en 3-5-förlust mot Marco Fu. Han nådde andra omgången i 2004 års World Snooker Championship, där han förlorade med 12-13 mot Matthew Stevens, trots att han ledde med både 10-6 och 12-10.
Hunter inledde säsongen 2004-05 med att nå semifinal i Grand Prix, där han förlorade med 3-6 mot Ronnie O'Sullivan. Därefter nådde han kvartsfinalen i China Open 2005, bara några dagar efter att ha upptäckt att han led av cancer. Hans högsta placering i karriären var nummer fyra i världen under säsongen 2004-2005, som sjönk till nummer fem säsongen därpå.
Senare år och sjukdom (2005-2006)
Den 6 april 2005 meddelade Hunter att han hade cancer. Hunter återvände till snooker i början av säsongen 2005-2006, men förlorade mot Rory McLeod i den första omgången av Grand Prix. Hunters nästa match för säsongen var i UK Championship mot Jamie Burnett, där Hunter låg under med 6-8 men vann matchen med 9-8. Trots detta förlorade Hunter i nästa omgång med 2-9 mot den blivande mästaren Ding Junhui. Han förlorade i första omgången av 2006 års världsmästerskap med 5-10 mot Neil Robertson, hans sista match någonsin.
I rankingen 2006/2007 sjönk han från femte till 34:e plats. Hunter erkände att han var sämre än året innan och bekräftade att han hade haft ständig smärta. Den 27 juli 2006 bekräftade WPBSA att efter en medlemsomröstning skulle reglerna ändras så att Hunter kunde sitta över hela säsongen 2006-2007 med sin världsranking fastlåst på 34:e plats. Han hade för avsikt att ägna året åt behandling av sin cancer.
