Go-Daigo blev kejsare 1318 när han var 30 år gammal. Detta var inte vanligt för den tiden. Vanligtvis blev små pojkar kejsare. När de blev vuxna män gick de till religiösa samhällen för män, där de inrättade en regering och styrde även om de stannade kvar i klostret. En ny pojke från kejsarfamiljen sattes på tronen. Detta system, med en pojke på tronen offentligt och en "före detta" kejsare som styrde från ett kloster, kallades för klosterstyre eller insei.
Go-Daigo ville själv styra Japan. Bakufu-regeringen var svag eftersom de inte hade kunnat belöna sina krigare. När mongolerna invaderade kom bakufu med en armé och hindrade dem från att invadera. Men det vanliga sättet att belöna krigare var att ge dem den besegrade fiendens landområden och skatter. Eftersom mongolerna var inkräktare hade de inga landområden som shogunerna kunde ge till sina krigare. Detta gjorde krigarna missnöjda med shogunerna. Go-Daigo började i tysthet samla ihop en armé för att besegra bakufu och ta kontroll över Japan, men han blev avslöjad. Shogunen fångade honom och fängslade honom på Okiöarna.
Go-Daigos anhängare kämpade för honom när han befann sig på Okiöarna. En av shoguns generaler, Ashikaga Takauji, bytte sida. Go-Daigos sida vann och Go-Daigo regerade. Hans styre kallas Kemmu-restaurationen.
Go-Daigo belönade inte Ashikaga Takauji med en hög rang, utan endast med rådgivare. Han belönade inte heller många av sina andra anhängare. År 1335 förklarade Takauji sig själv shogun och gjorde uppror. Takauji och hans armé intog Kyoto och satte en av Go-Daigos släktingar som kejsare där. Go-Daigo flydde från Kyoto och upprättade ett hov söder om Nara. Go-Daigos domstol styrde endast över landet i närheten. Så under många år fanns det två män som sade sig vara Japans kejsare.
