Den arkeolog som hittade kvarlevorna är Armand Mijares. Han hade grävt i Callao-grottan 2003, men stannade vid lite mer än en meters djup. Han sade att upptäckten av Homo floresiensis, en hominin från cirka 50 000 BP som hittades i Indonesien 2004, fick honom att återvända till grottan 2007. Ungefär en och en halv meter under den plats där han tidigare hade stannat upp hittade hans team fossila ben. Ett av benen var en mänsklig metatarsal, ett fotben.
Först trodde Mijares att det fossila benet kunde tillhöra en liten Homo sapiens. Men efter fler grävarbeten 2011 och 2015 hittade han och hans team fler ben och några tänder. Dessa kvarlevor från minst tre individer ansågs vara för olika för att tillhöra Homo sapiens. Därför har forskare som arbetar med materialet sagt att det är en ny art.