Guede ställdes inför rätta i Italien i oktober 2008. Han befanns skyldig och dömdes till 30 års fängelse.
Knox och Sollecito ställdes också inför rätta. Sollecito dömdes till 25 års fängelse och Knox till 26 års fängelse. De båda överklagade sina domar.
Åklagarna säger att Guede, Knox och Sollecito dödade Kercher tillsammans. Knox och Sollecitos advokater sade att Guede dödade henne ensam och klädde av och flyttade kroppen timmar senare. I juni-november 2009 presenterade deras advokater bevis och vittnen som stödde en "ensamvarg"-teori, att Guede dödade Kercher och senare klädde av och flyttade hennes kropp bort från fönstret i hennes sovrum i huset där hon bodde med Knox.
Guede hade hävdat att han hade blivit inbjuden till hennes hus, som en planerad dejt med Kercher på Halloween. När han var i hennes hus hävdade han att han blev sjuk, och när han var i badrummet hörde han ett högt skrik. I sin berättelse hävdade Guede att han såg en brunhårig italiensk man som höll en kniv över Kercher på golvet i hennes rum. Han hävdade sedan att mannen slogs med honom och sprang ut ur huset och sade på perfekt italienska: "Trovato negro, trovato colpevole" ("funnen svart, funnen skyldig"). Guede sade att han försökte hjälpa Kercher, eftersom hon blödde snabbt, men han blev rädd och sprang från huset, utan att ringa polisen eller någon annan om hjälp. Guede hade berättat för tjänstemännen att Kercher var helt påklädd när hon knivhöggs, och att han lämnade henne med sängfiltet och kudden på hennes säng. Vittnen och CSI-experter från kriminalpolisen i Rom lade dock fram bevis som motsade Guedes berättelse om den natten:
· Guede hävdade att Kercher träffade honom på Halloween, men hennes vänner vittnade om att de hade festat med henne och att ingen av dem såg henne prata med Guede.
· Guede hävdade att Kercher var helt påklädd när hon knivhöggs, men blodfläckar på hennes hud tyder på att hennes T-shirt var dragen över bh:n när hon knivhöggs.
· Guede hävdade att den vita kudden låg kvar på sängen, men den hittades under kroppen, märkt med hans vänstra skoavtryck (från Nike Outbreak 2 tennisskor) och hans handavtryck i blod.
· Guede hävdade att han inte återvände för att klä av sig och flytta kroppen, men bh:n och den avklippta bh-remmen innehöll DNA som matchade Guedes genetiska DNA-profil, som också fanns på hennes kropp och handväska.
· Guede hävdade att han inte krossade fönstret på övervåningen i det tredje sovrummet, men bara fem dagar tidigare hade han ertappats efter stängning i en skola i Milano med en bärbar dator och en mobiltelefon som stulits från en advokatbyrå där man gjort inbrott med en sten genom ett fönster på övervåningen.
· Guede hävdade att han inte hade knivskurit Kercher, men när han greps i Milanos skola den 27 oktober 2007 genomsökte den lokala polisen hans ryggsäck och hittade en kökskniv som stulits från skolköket.
Vid Guedes rättegång trodde domaren och juryn inte på Guedes påståenden och dömde honom för mordet. Han hade gripits eftersom hans handavtryck på kudden stämde överens med hans polisregister, inklusive incidenten i Milanos skola, när Milanopolisen hade släppt honom bara fem dagar före mordet. Guede dömdes till 30 års fängelse, men det sänktes till 16 år efter hans första överklagandeprocess.
I en separat rättegång ställdes både Knox och Sollecito inför rätta för mordet, men bevisningen var mycket mindre än för Guede. Inga vittnen vittnade om att de hade sett eller hört Knox eller Sollecito gå in i eller lämna huset den kvällen. Dessutom var de små mängder DNA som kopplade dem till mordet i så små mängder att det kunde betraktas som kontaminering, och sådana små mängder DNA är otillåtna under rättegångar i brittiska eller amerikanska brottmålsdomstolar. Även om man hade hittat många skoavtryck som matchade Guedes Nike-sko, fanns det inga skoavtryck som matchade någon av de skor som polisen hade tagit från Knox och Sollecitos hus. De viktigaste frågorna om dem var att de sa saker som verkade misstänkta:
· Knox hade under polisförhör skrivit ett uttalande där hon vagt mindes att hon gått till huset med sin chef från jobbet, men trodde att det var ett falskt minne som hon hade föreslagit under polisens påtryckningar.
· Knox vittnade om att polisen, på den fjärde dagen av förhören, hade hållit henne vaken hela natten, utan mat, och sedan skrikit, slagit henne och hotat att sätta henne i fängelse i 30 år om hon inte namngav någon. Polisen vittnade dock om att de inte trakasserade henne, utan att Knox istället började gråta och erkände att hon var i huset.
· När postpolisen anlände den dag då kroppen upptäcktes sa Knox och Sollecito att de hade ringt polisen, men telefonlistor visar att samtalet gjordes några minuter efter, inte före, att de anlände.
· När Sollecito ringde polisen sa han att det hade varit ett inbrott utan att något hade tagits, trots att de andra boendekompisarna inte hade återvänt för att räkna sina tillhörigheter.
· Båda hävdade att de hade stannat över natten i hans tvåvåningshus, men de kunde inte bekräfta vad den andre gjorde där nere eller om någon av dem hade lämnat huset.
· Sollecito berättade för polisen att hans pappa hade ringt honom hemma vid 23-tiden. Telefonlistor visade dock senare att han inte hade fått något sådant samtal.
Eftersom inga andra vittnen kunde bekräfta att paret bodde i hans hus under mordet i Knox hus, skickades de båda till rättegång. Bevisen mot dem var mycket begränsade:
· En man, Hekuran K., hävdade att han såg alla tre på en regnig gata nära huset den kvällen och hade diskuterat med dem, men regnet hade kommit på Halloween, istället för kvällen innan. När han fick frågan hur han visste vilken tid de bråkade sa han att han kollade på sin bilklocka, men konstaterade att den var trasig. På frågan om han hade talat med journalister svarade han först nej och sedan ja.
· Ett annat vittne, en hemlös man, Antonio C., sade att han såg Knox och Sollecito prata på ett torg nära huset den kvällen kl. 23-23.30, enligt en närliggande klocka, men i sitt ursprungliga vittnesmål hade han sagt att andra människor i närheten bar masker, som på Halloween kvällen innan.
· Dataregister visar att Sollecitos dator användes klockan 21.10 och att han bodde minst tio minuter från torget.
· En expert på fingeravtryck hävdade att ett skoavtryck på sängkudden var i Knox storlek, men att mönstret inte stämde med någon av hennes 22 skor, och när kudden viktes ihop stämde det skoavtrycket exakt med Guedes Nike-skor.
· Ett partiellt blodfotspår på den närliggande badmattan påstods matcha Sollecitos fot, men experter vittnade om att det var så vagt att det också matchade Guedes fot.
· Inga hårstrån, klädfibrer, hud eller fingeravtryck från Knox eller Sollecito hittades i Kerchers rum.
· Inga blodiga kläder, skor eller knivar hittades i något av deras hus eller i Sollecitos bil.
· En kniv som togs från Sollecitos kök, med Knox DNA på handtaget, påstods matcha ett spår av Kerchers DNA nära spetsen, men kniven var för stor för att ha gjort två av de tre knivhuggna såren, och testades negativt för blodrester någonstans.
När Knox dömdes i den första rättegången ifrågasattes domen av vissa som "antiamerikansk", men Sollecito dömdes samtidigt.
