Bonya föddes i Dhaka, Bangladesh. Hon tog sin grundexamen i datavetenskap vid Minnesota State University i Mankato.
Bonya träffade Avijit genom deras skrivande på Mukto-Mona, den första onlineplattformen för bengalisktalande fritänkare, ateister och sekulära bloggare och författare som grundades av Avijit. Denna grupp startade det första firandet av Darwindagen i Bangladesh. Mukto-Mona blev internationellt erkänd 2015 och fick The BOBS jurypris. Bonya skrev en av de första populärvetenskapliga böckerna i Bangladesh om biologisk evolution, vid namn Bibortoner Path Dhore ("Along the Evolutionary Path", 2007). Hon är en av moderatorerna för Mukto-Mona.
Bonya har en dotter, Trisha Ahmed, från sitt första äktenskap. Trisha skrev tillsammans med sin styvfar Avijit en artikel för tidningen Free Inquiry om fängslade sekulära bloggare. Ahmed har fått diagnosen sköldkörtelcancer.
Bonya bestämde sig för att ta tjänstledigt från sitt jobb som direktör på en kreditbyrå i USA efter attacken mot henne och Avijit. Hon började arbeta med humanistiska föreningar i Europa och USA för att öka medvetenheten om de islamiska fundamentalisternas attacker mot sekulära intellektuella i Bangladesh. För närvarande forskar hon om islamisk fundamentalism som gästforskare vid University of Texas i Austin. En vecka efter sin mans död började Bonya träffa humanistiska föreningar i Europa och arbeta för att få ut andra aktivister ur Bangladesh innan de kunde dödas.
År 2016 fick Bonya utmärkelsen "Forward" av Freedom From Religion Foundation. Hon sitter i juryn för Deutsche Welles pris BOBS Best of Online Activism Award.