Kaparna leddes av Ziad Jarrah, en medlem av al-Qaida. Jarrah är född i Libanon. Han flyttade till Tyskland 1996 och skrev in sig vid universitetet i Greifswald för att studera tyska. Ett år senare flyttade han till Hamburg i Tyskland och började studera flygteknik vid Hamburgs universitet för tillämpad vetenskap. Medan han bodde i Hamburg umgicks Jarrah med en radikal terroristcell i Hamburg.
I november 1999 reste Jarrah till Afghanistan, där han tillbringade tre månader. I Afghanistan i januari 2000 träffade han al-Qaidas ledare Osama bin Laden. Jarrah återvände till Tyskland i slutet av januari och fick i februari ett nytt pass utan afghanska passstämplar genom att falskeligen anmäla sitt pass som stulet.
I juni 2000 anlände Jarrah till Florida i juni 2000. Han började ta flyglektioner och tränade i hand-till-hand-strid.
Fyra andra kapare tränades i att fysiskt slåss mot besättningen. Tre av dem följde med Jarrah på Flight 93. De var Ahmed al-Nami, Hamza al-Ghamdi och Mohand al-Shehri.
Den 3 augusti 2001 flög den femte kaparen, Mohammed al-Qahtani, från Dubai till Orlando, Florida, USA. Han förhördes av tjänstemän som inte trodde att han kunde försörja sig själv med endast 2 800 dollar i kontanter och som misstänkte att han hade för avsikt att bli illegal invandrare eftersom han använde en enkelbiljett. Han skickades tillbaka till Dubai och återvände senare till Saudiarabien.
Klockan 05.01 på morgonen den 11 september ringde Jarrah ett mobilsamtal från Newark till Marwan al-Shehhi, piloten som kapade United Airlines Flight 175, i Boston. Samtalet var tydligen för att bekräfta att attackerna var redo att påbörjas.
Haznawi och Ghamdi gick ombord på planet kl. 07.39 och satt i första klass på plats 6B respektive 3D. Nami gick ombord en minut senare och satte sig på plats 3C i första klass. Innan han gick ombord på planet ringde Jarrah fem telefonsamtal till Libanon, ett till Frankrike och ett till sin flickvän Aysel Sengün i Tyskland, som han hade skickat ett avskedsbrev till dagen innan. Han sa "jag älskar dig" tre gånger och lade sedan på när hon frågade vad som var på gång.
När attackerna började ske började flygtrafikledningen utfärda varningar via ACARS-systemet (Aircraft Communication Addressing and Reporting System). Ed Ballinger, United-flygledaren, började skicka varningar till United Airlines-flygningar kl. 09.19, 17 minuter efter det att han fick kännedom om flyg 175:s nedslag. Ballinger var ansvarig för flera flygningar och han skickade meddelandet till Flight 93 kl. 09.23. Ballinger fick ett rutinmässigt ACARS-meddelande från Flight 93 kl. 09.21: "Good morning...Nice clb (climb) outta EWR [Newark Airport]". Meddelandet innehöll kommentarer om utsikten från cockpit och om vädret, och det undertecknades med initialen "J.", vilket visar att det kom från Jason Dahl, som kände Ballinger. Klockan 09.22, efter att ha fått reda på vad som hände vid World Trade Center, skickade LeRoy Homers hustru Melody Homer ett ACARS-meddelande till sin man i cockpit och frågade om han mådde bra. Klockan 09.24 fick Flight 93 Ballingers ACARS-varning: "Akta er för intrång i cockpit - två a/c [flygplan] träffade World Trade Center". Klockan 09.26, efter att piloterna två gånger checkat in med en rutinmässig höjd- och väderrapport till en flygledare vid FAA:s Cleveland Center, skrev Dahl ett hastigt, felstavat ACARS-svar: "Ed cofirm latest mssg plz -Jason". Klockan 09:27:25, när flygplanet passerade in i östra Ohios luftrum, svarade flygbesättningen på ett rutinmässigt radiosamtal från en flygledare i Cleveland, som sa åt dem att hålla utkik efter ett annat flygplan på tolv mils avstånd och två tusen fot ovanför dem. De sa att kontakten var negativ och att de letade. Detta var den sista kommunikationen från flygbesättningen före kapningen.
Kapningen inleddes kl. 09.28. Vid denna tidpunkt hade flyg 11 och 175 redan kraschat in i World Trade Center och flyg 77 var nio minuter från att ha träffat Pentagon. Kaparna på dessa flygningar hade inte väntat mer än trettio minuter på att ta över flygplanet och slog troligen till efter att bältesskylten hade släckts och kabinbetjäningen hade börjat. Det är okänt varför kaparna på Flight 93 väntade 46 minuter med att påbörja sitt angrepp. Enligt rapporter från passagerare och besättning band kaparna röda bandanas runt huvudet och sprang upp från sina platser. Klockan 9:28:05, när planet färdades på 35 000 fot över östra Ohio, sjönk planet plötsligt 685 fot. Klockan 09:28:17, elva sekunder efter nedstigningen, hörde Cleveland en man skrika i cockpitradion: "Mayday! Mayday! Mayday! Ett andra raspigt rop löd: "Hallå! Stick härifrån!". Clevelands flygledare John Werth kände inte till källan till det rop han hörde och kunde bara uppfatta det han hörde som "bara några grutturala, grutturala ljud". Han svarade: "Kan någon ringa Cleveland?", innan han lade märke till Flight 93:s snabba nedstigning och hörde klockan 09:28:50 en annan sändning från cockpit, skrik tillsammans med en ännu mer desperat och förvrängd refräng: "Hallå! Ut härifrån! Stick härifrån!" Kommissionen drog ingen slutsats om huruvida det var Dahl eller andrepiloten LeRoy Homer som gav nödropet, men när Melody Homer och Sandy Dahl, Jason Dahls fru, tillsammans lyssnade på bandet hävdade Melody Homer att hon kände igen sin mans röst som mannen som skrek. Flygningen sjönk 209 meter på en halv minut innan kaparna stabiliserade flygplanet på 34 315 fot och snart började klättra mot sydost. Av de fyra kapade flygplanen den 11 september var Flight 93 det enda flygplanet som sände ut ett nödrop. Det är troligt att eftersom piloterna hade blivit varnade för attackerna mot World Trade Center och att de skulle akta sig för intrång i cockpit, när kaparna attackerade dem, tryckte de medvetet på radiomikrofonens talknapp, så att ljudet av kampen i cockpit kommer att höras av FAA:s markkontrollanter och av piloter av flygplan på samma radiofrekvens. Werth trodde att det inte bara var ett rop på hjälp utan också en varning. Under de följande två minuterna gjorde Werth sju försök att kontakta Flight 93, utan att få något svar, medan andra flygledare flyttade närliggande flyg ur vägen.
Röstinspelaren i cockpit började spela in de sista trettio minuterna av Flight 93 klockan 09:31:57. Vid denna tidpunkt spelade den in en kaparens röst, som tros vara Jarrah, som talade med ett haltande kommando på accentuerad engelska och som andades och flög tungt, uppenbarligen av ansträngning, kanske av en kamp: "Mina damer och herrar: här är kaptenen. Var vänliga och sitt ner, behåll era platser. Vi har en bomb ombord. Så sitt ner." Kommissionen trodde att Jarrah försökte göra ett meddelande till passagerarna, men tryckte på fel knapp, vilket skickade meddelandet till Clevelands flygledare; Mohamed Atta hade gjort samma misstag på Flight 11. Werth förstod överföringen och försökte få kaparpiloten att fortsätta prata och svarade: "Calling Cleveland center, you're unreadable. Säg det igen, långsamt." Han skickade ett nytt textvarningsmeddelande till Flight 93: "Hög säkerhetsvarning. Säker cockpit." Werth bad andra piloter i sin sektor att följa Flight 93, att hålla ögonen på det kapade planet.
Flygupptagningarna visar att en skadad man, som tros vara Dahl, stönade i cockpit. Mannen vädjade "inte mer" eller "nej" upprepade gånger när kaparna ropade att han skulle sätta sig ner och sluta röra något. Sandy tror att Dahl vidtog åtgärder för att störa kaparna, bland annat genom att eventuellt koppla ur autopiloten och omdirigera planets radiofrekvens så att Jarrahs försök att kommunicera med passagerarna i stället överfördes till flygledarna.
Tom Burnett ringde flera gånger till sin fru från och med kl. 09.30.32 från rad 24 och 25, trots att han satt på rad 4. Burnett förklarade att planet hade kapats av män som hävdade att de hade en bomb. Han sade också att en passagerare hade blivit knivhuggen och att han trodde att bombhotet var ett knep för att kontrollera passagerarna. Han bad henne att ringa myndigheterna och lade sedan på luren. Under sitt andra samtal till henne sade Burnett att den knivskurna passageraren var död. Man tror att passageraren Mark Rothenberg var offret. Rothenberg var den enda passageraren i första klass som inte ringde efter kapningen. Rothenberg satt i 5B och Haznawi satt direkt bakom honom i 6B. På flyg 11 attackerade Satam al-Suqami på plats 10B passageraren Daniel Lewin, som satt direkt framför honom på plats 9B. Ett antagande är att Haznawi attackerade Rothenberg oprovocerat för att skrämma andra passagerare och besättningsmedlemmar att lyda. Alternativt kan Rothenberg ha försökt stoppa kapningen och konfrontera kaparna. Burnetts fru informerade honom om attackerna mot World Trade Center och han svarade att kaparna "talade om att krascha planet". ... Herregud. Det är ett självmordsuppdrag." Han började fråga henne om information om attackerna och avbröt henne då och då för att berätta för de andra i närheten vad hon sa. Sedan lade han på luren. I sitt nästa samtal sade Burnett, som hade informerats om attacken mot Pentagon, att han höll på att sätta ihop en plan och att "en grupp" hjälpte honom. Han avslutade sitt sista samtal med att säga: "Oroa er inte, vi kommer att göra något".
I cockpit fortsatte den skadade mannen att stöna och tycktes upprepa att han kopplade ur autopiloten, eftersom det klockan 09.40 hördes hornljud som tydde på att kaparna upprepade gånger hade problem med autopiloten och fifflade med en grön ratt. "Den här gröna ratten?" frågar en av kaparna den andra på arabiska. En annan kapare svarade: "Ja, det är den." Klockan 09:41:56 sade den skadade mannen i en stönande ton: "Åh, man!".
