Under Jeannes liv var religionen i Frankrike ett slagfält mellan den katolska kyrkan och hugenotternas protestantiska kalvinism.
När det gällde religionen påverkades Jeanne av sin mor, som var inriktad på religiösa reformer, humanistiskt tänkande och individuell frihet. Jeanne konverterade till kalvinismen på juldagen 1560. Denna omvändelse gjorde henne till den högst rankade protestanten i Frankrike.
När kalvinismen infördes i hennes rike förvisades präster och nunnor, katolska kyrkor förstördes och katolska ritualer förbjöds. Hon lät översätta Nya testamentet till baskiska och béarnesiska för sina undersåtar.
Hon beskrevs som "liten till växten, bräcklig men upprätt". Hon var mycket intelligent, men sträng och självgod. Agrippa d'Aubigné, hugenotkrönikören, beskrev Jeanne som en kvinna som hade "ett sinne som var tillräckligt kraftfullt för att styra de högsta angelägenheterna".
Förutom sina religiösa reformer arbetade Jeanne med att omorganisera sitt rike och genomförde långvariga reformer av de ekonomiska och rättsliga systemen i sina domäner.
Jeanne dog i Paris i feber (troligen en infektionssjukdom) vid 44 års ålder.