Tidig karriär (San Diego Chargers, BC Lions, Washington Redskins)
1993 valdes Green av San Diego Chargers som tjugosexte val i den åttonde rundan och 222:a totalt. Han tillbringade ett år som backup och fick ingen speltid. Efter att ha blivit avstängd 1994 av British Columbia Lions i Canadian Football League anslöt han sig till Washington Redskins. Förutom en passning kastad 1997 skulle han inte få se NFL-spel förrän 1998, då han kastade för 3 441 yards, 23 touchdowns och 11 interceptions.
Greens genombrottssäsong kom precis i tid, eftersom han blev en fri agent utan begränsningar efter säsongen 1998. Han avvisade ett erbjudande från Redskins på 4 år och 12 miljoner dollar.
Första tiden med Rams
Den 15 februari 1999 kom Green överens med St Louis Rams om ett fyraårskontrakt på 17,5 miljoner dollar, vilket inkluderade en bonus på 4,5 miljoner dollar. Under 1999 var Green tänkt att bli startspelare för Rams, men drabbades av en fruktansvärd knäskada som avslutade säsongen i en försäsongsmatch efter en träff av Rodney Harrison från Chargers. Den oannonserade backupen Kurt Warner tog över för Green och ledde Rams till en 13-3 säsong som kulminerade i en dramatisk 23-16 seger över Tennessee Titans i Super Bowl XXXIV.
År 2000 började Green säsongen som backup för Warner, den regerande NFL MVP. Han startade fem matcher i mitten av säsongen medan Warner var borta med en bruten hand. Green och Warner ledde tillsammans Rams till det då högsta antalet passningsyards för laget i NFL:s historia. Med Warner tillbaka som quarterback blev Rams omkullkastade i wild card-rundan av New Orleans Saints. Green byttes under lågsäsongen till Kansas City Chiefs för det 12:e valet i NFL Draft 2001.
Kansas City Chiefs
Under sin första säsong i Kansas City hade Green svårt att få ihop det trots att han fick tillgång till tight end Tony Gonzalez och running back Priest Holmes. Han kastade för 3 783 yards och 17 touchdowns, men kastade också 24 interceptions. Green visade en markant förbättring 2002 och kastade 26 touchdowns och endast 13 interceptions när Chiefs gick 8-8. Green slog också rekordet för det längsta passningsspelet i karriären i NFL:s historia (99 yards) den 22 december 2002 med en passning till Marc Boerigter i en match mot San Diego Chargers. År 2003 hade Green sitt genombrottsår och kastade för 4 039 yards, 24 touchdowns och 12 interceptions. Han ledde Chiefs till ett 13-3 rekord och en första omgångs bye i slutspelet. I divisionsspelet förlorade de dock med 38-31 mot Peyton Manning och Indianapolis Colts. Matchen var anmärkningsvärd eftersom inget av lagen fick göra några punts, vilket var första gången i NFL:s slutspelshistoria. Green valdes till sin första Pro Bowl det året. Nästa säsong gick Chiefs 7-9 då Priest Holmes drabbades av en knäskada i den åttonde matchen mot Tampa Bay Buccaneers i Tampa, Florida och missade resten av grundserien. Vid den tiden ledde han ligan i både rushing och poäng. Green hade dock fortfarande ett lysande år och passade för 4 591 yards, 27 touchdowns och 17 interceptions. Hans passningssumma för 2004 var näst bäst efter Minnesotas Daunte Culpepper.
År 2005 förbättrade Chiefs, med ett förbättrat försvar, sitt resultat till 10-6, men misslyckades med att nå slutspelet. Green hade ännu en stark säsong 2005, då han kastade för 4 010 yards (näst efter New Englands Tom Brady) och bara kastade 10 interceptions, vilket är hans lägsta säsongssumma någonsin. Green valdes till sin andra Pro Bowl efter säsongen. Green har den utmärkande egenskapen att han har fyra raka säsonger med en QB rating på 90,0 eller bättre, varav tre av dessa med över 4 000 passing yards. Green har startat 80 matcher i rad under sina fem första år med Chiefs, vilket är ett lagrekord.
Greens säsong 2006 äventyrades av en allvarlig hjärnskakning som han drabbades av under säsongens första match den 10 september 2006 mot Cincinnati Bengals i Kansas City. Green försökte glida under ett spel i tredje kvarten, men träffades hårt av Cincinnatis defensive end Robert Geathers, som hade sänkt sina axlar, men i stället träffade quarterbacken i ett ovanligt läge. Domaren konstaterade dock att ingen foul hade begåtts och Geathers insisterade på att han hade försökt kolla upp, men blev knuffad av Chiefs receiver Eddie Kennison. CBS-kommentatorn Randy Cross, en före detta offensiv linjeman i San Francisco 49ers, ansåg att slaget var oavsiktligt och stödde funktionärernas beslut. Funktionärerna i National Football League intog samma ståndpunkt och vägrade den 13 september 2006 att bötfälla Robert Geathers eftersom han inte hade full kontroll över sin kropp. Green blev medvetslös och matchen försenades i över femton minuter medan han fick medicinsk vård. Enligt uppgift återfick han medvetandet i tunneln och kunde inte minnas spelet. Enligt Chiefs general manager Carl Peterson visade de preliminära läkarbesöken på en "mycket, mycket allvarlig hjärnskakning" och uppgav att Green skulle vara borta på obestämd tid.
Lördagen den 21 oktober 2006 rapporterades det att Green hade fått läkarens tillstånd att återgå till träning. Chiefs president och general manager Carl Peterson sade att detta inte betyder att han är klar för spel. Peterson bekräftade att Greens återgång till träningen skulle ske i en kontrollerad miljö för att se hur långt han kommit i sin återhämtning från en "mycket, mycket allvarlig hjärnskakning".
Den 15 november 2006 meddelade Kansas City Chiefs huvudtränare Herman Edwards att Green skulle ta tillbaka sitt jobb som startande quarterback från Damon Huard som tog över när Green drabbades av en hjärnskakning.
Greens karriär i Kansas City slutade med en ny förlust i slutspelet mot Peyton Manning och Indianapolis Colts i Wild-Card-rundan i NFL-slutspelet 2006.
Den 27 februari 2007 skrev Damon Huard på nytt kontrakt med Chiefs för 7,5 miljoner dollar på tre år, vilket orsakade en "quarterbackkontrovers" i Kansas City. Green ombads till en början att ta en lönesänkning av sin 2007 års lön, och hade fått tillstånd att söka ett byte till ett annat lag. Lag som var intresserade var bland annat Miami Dolphins (som erbjöd Chiefs en sjunde valomgång, men Chiefs avböjde och ville istället ha en femte valomgång), Detroit Lions och Cleveland Browns var också intresserade av Green före NFL Draft 2007. Green byttes inte under drafthelgen som tidigare förväntat. Green sade att han inte skulle återvända till Kansas City, vilket därför gjorde hans frisläppande möjligt. Green hade sagt till Chiefs att Miami var hans favorit eftersom han tidigare arbetat under både huvudtränaren Cam Cameron och quarterbackscoachen Terry Shea.
Miami Dolphins
Den 5 juni 2007 kom Chiefs överens om att byta Green till Miami Dolphins mot ett villkorligt femteval i NFL Draft 2008, i väntan på att Green skulle genomgå en fysisk undersökning som senare godkändes. Green presenterades vid en presskonferens i Miami den 6 juni. Draftvalet skulle ha blivit ett val i fjärde rundan om Green spelade mer än 70 procent av Miamis offensiva spel. Den 20 augusti utsåg Dolphins Green till startspelare med Cleo Lemon som backup, trots att ingen av dem hade kastat en touchdown-passning fram till dess i försäsongsspelet. Andravalet John Beck utsågs till tredje spelare.
Greens ställning i sitt nya lag - och även hans karriär - äventyrades omedelbart den 7 oktober då han drabbades av en ny allvarlig hjärnskakning tidigt i en match mot Texans i Houston. Med knappt fyra minuter kvar att spela i den första quartern satte Green sin axel lågt mot knäna på den 315 kilo tunga Houston defensive tackle Travis Johnson i ett lyckat försök att blockera honom i ett spel som började med en fumbled handoff till Dolphins rookie wide receiver Ted Ginn Jr. Ginn, som sprang från höger till vänster över backfield när bytet fumlades, återfick bollen nära sidlinjen och backade sedan om. Johnson gick omkull i ett svepande fall på blocket samtidigt som Green föll med ansiktet ner mot gräset, utslagen efter att ha slagit Johnson knä med sin hjälm. När Johnson reste sig upp och såg att Ginn hade stoppats och spelet avslutats, gick han omedelbart mot Greens kropp och högg med fingret mot den orörliga quarterbacken. Johnson flaggades med ett 15-yardstraff för hån, och sjukvårdspersonal tog sig snabbt fram till Green. Efter att ha undersökts på planen i nästan fem minuter fördes Green bort på en bår och Cleo Lemon tog hans plats.
Efter matchen hade en arg Travis Johnson hårda ord för Green och jämförde honom med "fågelskrämman [som] vill få mod" och kallade blocket "elakt". Texans huvudtränare Gary Kubiak, som i viss mån höll med Johnson när han sa att NFL:s funktionärer borde se över reglerna för "chop"-blockeringar, kallade också Johnsons reaktion över en fallen spelare för "oförlåtlig".
Medan många fans och sportskribenter krävde att Green skulle gå i pension var Green tillbaka med laget i träning, om än i gatukläder, fredagen efter skadan efter att ha återvänt från Kansas City där han utvärderades av samma medicinska team som ställde diagnosen 2006. Tränaren Cam Cameron hade ursprungligen uttryckt sina planer på att Green skulle återvända till spelet före slutet av säsongen 2007. Den 20 oktober 2007 meddelade dock Dolphins att Green skulle placeras på skadelistan och gjorde Cleo Lemon till sin startande quarterback. Efter säsongen blev Green en av nio spelare som Dolphins släppte den 11 februari 2008.
Andra gången hos Rams
Den 10 mars 2008 gick Green med på ett treårigt avtal värt cirka 9 miljoner dollar med St Louis Rams och återvände därmed till det lag han spelade för 1999 och 2000. Den 23 september 2008 utsågs Green till startspelare för vecka 4 mot Buffalo Bills. Han slutförde 17 av 32 passningar för 236 yards med en interception och en quarterback rating på 64,1. Den 9 november 2008, mot Jets, tog Green över för Marc Bulger efter att Bulger stängts av av Jets i första halvlek. Rams släppte Green den 25 februari 2009.
Pensionering
Green drog sig tillbaka från professionell fotboll den 12 juni 2009, med hänvisning till att han ville göra karriär inom radio- och tv-sändningar. Greens agent, Jim Steiner, sade: "Han hade en lång, framgångsrik karriär. Han tror att han fortfarande kan spela, men efterfrågan är inte särskilt stor där ute just nu och han är inte den typen av kille som kommer att sitta i fyra eller fem månader och vänta på att telefonen ska ringa".
