På 1200-talet byggdes en
damm i floden Amstel (det är därför staden heter Amsterdam). Stadens gamla hamn,
Damrak, är numera en av de mest trafikerade gatorna i staden. Staden nämns för första gången i
1275 av greve Floris V, greve av Holland och Zeeland som gav folket i Amsterdam lite mer frihet. Staden fick sina stadsrättigheter troligen i 1306; åtminstone strax efter år 1300. Staden blev ganska snart en viktig handelshamn med en framgångsrik handelsväg till Östersjön. Staden växte snabbt under 1400-talet. Eftersom staden i princip ligger i ett träsk var stadens byggare tvungna att gräva kanaler för att använda grävjorden för att få upp bostadsområdet. Husen byggdes på träpålar, och kanalerna fungerade som ett ganska effektivt primitivt avlopp.
Staden var en av de första städerna i Västeuropa som var relativt demokratiska: Välbärgade medborgare valde stadens ledare. Amsterdam förklarade krig mot spanjorerna i 1578, under det åttioåriga kriget. När staden Antwerpen föll till spanjorerna i 1585flydde många invånare i Antwerpen till Amsterdam. Antwerpen var också en viktig handelsstad, och när dess invånare flyttade till Amsterdam tog de med sig sina handelsnätverk. Därför blev Amsterdam en ännu viktigare handelsstad efter det. Detta inledde den holländska guldåldern. Antalet människor som bodde i Amsterdam under kriget ökade från mindre än 30 000 i 1570 till över 100 000 i 1622. Detta antal skulle till och med stiga till 200 000 mot slutet av 1600-talet, vilket gjorde staden till en mycket stor stad för sin tid (endast London och Paris hade också så många invånare). På 1700-talet sjönk antalet invånare i Amsterdam tillbaka till 140 000, vilket innebar slutet på guldåldern.
Under 1800-talet fanns de första tågen och spårvagnarna i Amsterdam. Det första tåget gick från Amsterdam till Haarlem i 1839. Antalet människor ökade, och i Amsterdam bodde omkring 250 000 personer i 1850och mer än 500 000 i 1900. Amsterdam var då en tungt industrialiserad stad. Före andra världskriget bodde cirka 140 000 judar i Amsterdam. De flesta av dessa människor överlevde inte kriget. Efter kriget blev Amsterdam ett centrum för tolerans och kultur; att vara annorlunda är inte onormalt i Amsterdam. Amsterdam förväntas växa med 12,6 % fram till 2025. Amsterdam kommer då att ha nästan 900 000 invånare, och storstadsområdet kommer då att ha nästan 2,5 miljoner invånare.