En haplotyp är en term inom genetiken. Det är en förkortning av haploid genotyp. En haplotyp är en samling specifika alleler (särskilda DNA-sekvenser) i ett kluster av tätt sammankopplade gener på en kromosom. Ett kluster ärvs vanligen tillsammans. Enkelt uttryckt är haplotypen en tätt sammanhängande grupp av gener som ett barn ärver från en förälder.
En andra betydelse av termen haplotyp är en uppsättning singelnukleotidpolymorfismer (SNP) som vanligtvis finns tillsammans på en enda kromatid (i ett kromosompar). Om man hittar några få alleler i en haplotypsekvens identifierar man alltså alla andra platser i dess region. Sådan information är mycket värdefull för att undersöka genetiken hos vanliga sjukdomar.
Genom att jämföra haplotyperna hos två eller flera personer kan man se graden av genetiskt släktskap mellan deras respektive linjer. Det görs i genetiska släktforskningsprojekt.