Fartyget lämnade Ushuaia i Argentina den 11 november 2007 för en 19-dagars kryssning som syftar till att följa 1900-talets upptäcktsresande Ernest Shackletons väg genom Drakepassagen (ett område som vanligtvis är stormigt med grov sjö). Efter att ha besökt Falklandsöarna och Sydgeorgien träffade Explorer den 23 november 2007 ett oidentifierat undervattensobjekt i Bransfieldsundet nära King George Island i Antarktis, nära Sydshetlandsöarna. Det föremål som Explorer träffade orsakade ett 25 × 10 cm stort hål i fartygets babordssida (vänster sida), vilket gjorde att havsvatten kunde tränga in i fartyget.
En passagerare rapporterade om havsvatten i kabinen omkring 03:00 UTC. Även om vissa rapporter visar att det inte hade skett någon märkbar påverkan, eller åtminstone inte mer än det normala knastrandet av is som man upplever när man seglar genom isiga vatten, säger andra rapporter att det var en hög smäll. Vissa rapporter anger också att fartyget drev in i ett isberg på Explorers styrbordssida medan besättningen bedömde skadorna från den ursprungliga kollisionen på fartygets babordssida.
Fartyget sände ut ett nödanrop klockan 04:24 UTC, och räddningsinsatserna samordnades snabbt av den argentinska republikens kustbevakningskår (Prefectura Naval) och den chilenska marinens center för sökning och räddning. Chile skickade isbrytaren Almirante Viel och närliggande handelsfartyg, däribland MN Ushuaia, National Geographic Endeavor och det norska kustexpressfartyget MS Nordnorge, som vid tillfället var i drift som ett passagerarkryssningsfartyg. Vid 07:30 UTC lämnade alla 91 passagerare, 9 guider och 54 besättningsmän från över 14 länder fartyget och tog sig till livflottarna, där de drev i tre till fyra timmar tills de plockades upp av det norska fartyget MS Nordnorge som anlände till platsen vid 10:00 UTC. Man tror att Explorer sjönk omkring 19:00 UTC. Tidigare under 2007 var MS Nordnorge inblandat i en annan räddningsaktion i Antarktis när det evakuerade 294 passagerare från ett systerfartyg, MS Nordkapp, när Nordkapp gick på grund på Deception Island, en del av samma avlägsna skärgård som South Shetland Islands.
Några av dem som räddades av Nordnorge fördes till den chilenska Eduardo Frei Montalva-stationen på King George Island. Senare flögs de med transportflygplan av typen C-130 Hercules från det chilenska flygvapnet till Punta Arenas, Chile, i två separata flygningar lördagen den 24 november och söndagen den 25 november 2007. Cirka 70 av de överlevande fördes till Uruguays Artigasbas. Explorer sjönk inom 20 timmar efter att ha stött på ett okänt undervattensobjekt som rapporterades vara is.
