Även när chikanerna tillkom var säkerheten ett bekymmer på banan. Ett av de största bekymren var Tamburello-kurvan med hög hastighet och platt utfart. Tamburello var mycket ojämn och hade mycket lite utrymme mellan banan och en betongvägg. Muren skyddade en bäck som rann bakom kurvan. I San Marino Grand Prix 1987 råkade Nelson Piquet ut för en olycka i kurvan under träningen. Han missade loppet på grund av sina skador. I San Marino Grand Prix 1989 kraschade Gerhard Berger sin Ferrari vid Tamburello efter att framvingen gått sönder. Kraschen var så kraftig att monocoquen (förarutrymmet) splittrades. Bilen fattade eld. Brandmännen och den medicinska personalen gick snabbt till verket. Tack vare det snabba agerandet överlevde Berger med endast brännskador på händerna. Berger missade bara ett lopp, Monacos Grand Prix. Andra förare, bland annat Michele Alboreto och Riccardo Patrese kraschade också illa i Tamburello-kurvan. De klarade sig utan allvarliga skador.
År 1994 inträffade tre allvarliga olyckor på Imola. Under fredagsträningen körde Rubens Barrichello in i staketet vid Variante Bassa. Det var en mycket hård krasch och han blev medvetslös i några minuter. Under kvalet på lördagen kraschade österrikaren Roland Ratzenberger i Villeneuvehörnet. Han träffade en betongbarriärvägg nästan frontalt och fick en mycket allvarlig huvudskada. Han fördes till sjukhus, men dog av sina skador. I söndagens lopp körde den trefaldige världsmästaren AyrtonSenna in i en betongvägg i Tamburello-hörnet. Senna dödades omedelbart. I två icke relaterade olyckor skadades också flera åskådare och mekaniker under loppet.
Som svar på Ratzenbergers och Sennas dödsfall gjordes ändringar för att försöka göra banan säkrare. Den platta Tamburello-kurvan minskades i hastighet. Det gjordes också om till en vänster-höger-svepning. Ett grusfält lades till på det begränsade utrymmet på utsidan av kurvan. Villeneuve-hörnet saktades också ner och en grusficka lades till. För att behålla en del av den gamla banans karaktär togs den långsamma chikanen vid Acqua Minerale bort. Många säger att den nya bankonfigurationen inte är lika bra som den brukade vara på grund av de nya chikanerna vid Tamburello och Villeneuve.
En annan ändring som gjordes var varianten Alta. Variante Alta ligger på toppen av kullen som leder ner till Rivazza. Det är den hårdaste bromspunkten på varvet. Kantstenarna var mycket höga och förarna körde ofta in i dem. Detta orsakade ofta skador på bilarna och ledde ibland till olyckor. Inför Grand Prix 2006 sänktes kantstenarna och själva kurvan stramades åt för att minska hastigheterna.
Några hade klagat på den dåliga kvaliteten på anläggningarna (byggnader och arbetsområden) i Imola. San Marino Grand Prix togs bort från Formel 1-mästerskapet efter 2006.