Bionicle-serien 2001-2008 utspelade sig i en science fantasy-värld som huvudsakligen beboddes av delvis organiska och delvis maskinella varelser i en underjordisk värld som existerar i massiva kupoler under jorden. Denna värld (kallad "The Matoran Universe") och dess raser skyddades en gång av en stor ande vid namn Mata Nui, tills han kastades in i en evig slummer av den ondskefulle Makuta Teridax och Makutas brödraskap. Matoranernas värld började falla sönder. Men mask av liv som lagrats inom Mata Nui skickades ut i rymden för att hitta en ny planet. Masken landade på planeten Bara Magna och masken skapade en liten kropp.
2009 inleddes en helt ny saga i berättelsen, där man lämnade de tidigare åren bakom sig och vågade sig ut på nya möjligheter när Mata Nui, efter att ha blivit förvisad av Makuta Teridax, kraschlandade på en mystisk öde planet som kallas Bara Magna. Här blir han berättelsens centrum och får nya allierade när han försöker hitta ett sätt att rädda matoranerna och toa från Makuta Teridax tyranniska styre.
2001 - Jakten på maskerna
Historien börjar med sex Toa Mata: Tahu, Lewa, Gali, Kopaka, Pohatu och Onua anländer till en ö som kallas Mata Nui och minns inget annat än sina namn. De upptäckte att invånarna, de matoranska byborna, utsattes för ständiga attacker från infekterade Rahi, vilda bestar som kontrolleras av Makuta Teridax kraftfulla inflytande genom användning av infekterade Kanohi-masker, vilket orsakade ett krig som varade i ungefär 1000 år. Efter att ha letat efter och hittat många Kanohi-masker får Toa var och en en gyllene Kanohi-mask med enorm kraft och söker upp Makuta själv. Efter att ha utmanat de grymma Manas-kräftorna och Shadow Toa (onda dubbelgångare som är illusoriska kopior av Toa ) konfronterar Toa Makuta och besegrar honom genom att förena sina elementära krafter.
2002 - Bohrok-svärmarna
När Makuta besegrades släppte han ut den uråldriga Bohrok. Bohrok är robotdrönare som var utformade för att "rensa" ön Mata Nui till dess tillstånd "i förtid". Bohrok började slita sig igenom byarna på ön och tvingade Matoran att fly. En uppfinningsrik Matoran på jorden, Nuparu, bygger ett kraftfullt fordon kallat Boxor, tillverkat av delar av en skadad Bohrok, för att bekämpa svärmarna. Toa, ovetande om Bohroks syfte, samlade in Bohroks Krana (maskliknande varelser som fungerar som deras hjärnor) för att konfrontera Bohroks drottningar, Bahrag: Cahdok och Gahdok. De besegrade Cahdok och Gahdok förseglas i ett fängelse som skapats av Toas elementära krafter. Toa Mata utsätts sedan för ett ämne som kallas Energized Protodermis, som förvandlar dem och ger dem nya rustningar och vapen. De döper om sig till "Toa Nuva".
2003 - Bohrok-Kal-strejken och ljusmasken
När Cahdok och Gahdok har besegrats stoppas Bohrok-svärmarna och återvänder till sina kupor. Sex nya elitbohrok, kallade Bohrok-Kal, dök dock upp med syftet att släppa Bahrag. De fortsatte sedan att stjäla Toa Nuvas krafter, som är nyckeln till att bryta sigillet. På gränsen till nederlag tvingar Toa alla sina krafter in i Bohrok-Kal, vilket överbelastar och besegrar dem.
Kort därefter upptäckte två matoran, Takua och Jaller, Kanohi Mask of Light. De fick i uppdrag att resa över ön Mata Nui för att hitta Toa of Light. Under tiden skapade Makuta och skickade ut sex varelser som kallades Rahkshi för att hitta masken och stoppa Toa of Light från att komma. Rahkshi slet sig över Mata Nui och förstörde byarna Ta-Koro och Onu-Koro. Rahkshi stoppades av Toa, men inte innan de hade dödat Jaller. Jallers död fick Takua att inse att han var Toa of Light, och han tog på sig masken för att bli Toa Takanuva. Takanuva gick för att konfrontera Makuta och under deras strid föll de båda i en pool av energigivande protodermis, en silverfärgad substans med kraften att förändra eller förstöra en varelse, och smälte samman till varelsen Takutanuva. Takutanuva fortsatte sedan att öppna dörren till staden Metru Nui och släppte igenom Matoran och Toa. Med hjälp av en del av sin livsenergi återupplivade han Jaller medan han fortfarande höll dörren öppen. Användningen av energi var dock för stor och Takutanuva krossades av dörren, vilket tycktes döda både Takanuva och Teridax och lämnade bara Takanuvas Mask of Light kvar. Takanuva återupplivades omedelbart när hans mask användes för att aktivera fyren till Metru Nui. Därefter förberedde sig matoranerna för att återvända till östaden Metru Nui.
2004 - Metru Nuis legender
När matoranerna förberedde sig för att resa till Metru Nui avslöjade Turaga (byns äldste) att de en gång i tiden hade varit Toa och kämpat i Metru Nui mot hot som Morbuzakh-växtvarelsen och de Dume-kontrollerade Vahki-styrkorna. De, som Matoran, förvandlades till Toa Metru med hjälp av Toa-stenar som innehöll kraft och som offrades av Toa Lhikan. Deras uppdrag var att hitta de sex stora skivorna och besegra Morbuzakh, ett växthot som hotade att förstöra staden. När de gjorde det blev de dock förrådda av Dume, stadens Turaga. Senare upptäckte de att Makuta Teridax hade tagit Dumes förklädnad och tagit kontroll över Vahki (robotar för brottsbekämpning). Hans plan var att försätta matoranerna i sömn, utplåna deras minnen och återuppväcka dem "som deras erövrare". Toa flydde, men attackerades av Teridax. Genom att kombinera sina elementära krafter kunde de försegla Teridax i ett fängelse av kristalliserad protodermis. Toa reste till en ny ö, som senare skulle bli känd som Mata Nui, och lovade att återvända för att rädda matoranerna.
2005 - Skuggornas nät
De återvänder. Men den onda kungen Sidorak och hans vicekung Roodaka har regerat på ön, med ondskefulla spindelliknande varelser som kallas Visorak. Toa blev snart tillfångatagna och muterade till bestialiska Toa Hordika. För att återgå till det normala sökte Toa upp den legendariska Rahi Keetongu. Toa Vakama förrådde dock de andra Toa och anslöt sig till Sidorak, som gjorde honom till ledare för Visorak. De andra Toa konfronterade Visorakhorden i ett stort slag och övertygade Vakama att åter ansluta sig till dem. Vakama beordrade sedan Visorak att bli fria. Keetongu dödade sedan Sidorak, som Roodaka och Vakama förrådde. De sex Toa besegrade sedan Roodaka med alla sina sex elementära krafter. Detta hade dock som bieffekt att Makuta befriades eftersom Roodaka bar på ett fragment av hans fängelse. Toa slog henne av denna anledning. Efter att ha återställts av Keetongu förde Toa Metru matoranerna till en ny ö. När de offrade sin kraft för att väcka Matoran blev de Turaga och etablerade senare nya byar på denna ö som kallades Mata Nui.
2006 - Ödets ö
Toa Nuva fick veta att Mata Nui inte bara sov utan var döende. För att rädda honom måste de resa till ön Voya Nui och söka den mystiska Kanohi Ignika, livets mask. Toa Nuva ger sig ut på detta äventyr men blir snabbt tagna till fånga av sex nya och mäktiga fiender, Piraka: Zaktann, Hakann, Vezok, Thok, Reidak och Avak. De sökte masken för sina egna mörka syften. När Toa inte återvände följde en grupp på sex Matoran efter dem. Jaller, Hahli, Hewkii, Nuparu, Kongu och Matoro flydde till ön i Toa-behållare, men när de färdades förvandlades de till Toa Inika av ljusbultar från den röda stjärnan. När de anländer får de veta om Piraka och hur de förslavade de lokala Matoran genom att utge sig för att vara falska Toa, för att få Matoran att bygga en fästning åt dem. Med hjälp av ett litet Matoranmotstånd och den uråldriga väktaren Axonn kunde Toa Inika befria Toa Nuva, hitta maskens tempel och bekämpa Piraka samt de andra varelser som vaktade det. Till slut gick de segrande ur striden med Kanohi. Men livets mask besatt en egen vilja och i sista stund undviker den dem alla och rusar ner i havets djup.
2007 - Mörkrets hav
Efter jakten på livets mask gick Toa Inika ner i vattnet efter att ha fått den mystiska ledtråden "rädda den sjunkna staden" av en okänd Matoran, som hade räddat Hahli från att drunkna till priset av att han dog av dekompressionssjuka.[14] En energistöt från livets mask förvandlade Toa Inika till vattenandande former. De upptäckte en bebodd by Mahri Nui som hade brutit sig loss från Voya Nui och sjunkit för tusen år sedan. Byn hotades av gamla krigsherrar kända som Barraki som hade muterats av det närliggande mutagena vattnet som kallas "The Pit". Toa, som nu är kända som Toa Mahri, mötte Barraki för att överleva. Men när Toa hämtade masken dog den stora anden. Toa Matoro insåg att det fortfarande fanns hopp och rusade till universums kärna och offrade sitt liv för att återuppliva Mata Nui. I sitt livs sista ögonblick använde Toa Matoro maskens kraft för att teleportera Toa Mahri tillbaka till Metru Nui och låta dem andas luft igen. Den stora andens liv räddades men han måste fortfarande väckas.
2008 - Det sista slaget
Efter att ha fått nya rustningar och vapen av Artakha anlände Toa Nuva till Karda Nui, universums kärna. Där ställdes de inför Makuta som försökte förvandla befolkningen av Av-Matoran - Matoran av ljus - till Shadow Matoran. Toa Nuva fick hjälp av ankomsten av Takanuva, som nu kunde kontrollera Ljus och Skugga tack vare en skuggblodigelattack, och Toa Ignika, som är själva livets mask. Kanohi Ignika hade gjort en kropp åt sig själv eftersom den ville se hur det var att vara en levande varelse. Med sina förenade krafter nådde de fram till en struktur i mitten av Karda Nui som kallas Codrex, där Toa Ignika var tvungen att offra sin nya kropp för att väcka Mata Nui. Takanuva, med hjälp av de återstående icke korrumperade Av-Matoran, återförde Shadow Matoran till sina tidigare tillstånd. Kort därefter flydde Toa från kärnan innan den energistorm som orsakades av Mata Nuis uppvaknande kunde förgöra dem. Makutorna lyckades dock inte fly och dödades alla. Tillbaka i Metru Nui firades Mata Nuis uppvaknande, men firandet avbröts när det avslöjades att Teridax hade tagit över Mata Nuis kropp, vilket visade sig vara Matorans universum. Han fångade Mata Nuis ande i Livets mask och skickade den flygande ut i rymden så att den före detta stora anden inte kan störa hans kontroll över universum.
2009 - Legenden återfödd
Bionicle-historien fortsätter efter att Mata Nui förvisades från sin kropp av Makuta Teridax till en planet som heter Bara Magna. Med undantag för några få vilda djurarter är Bara Magna en öde ökenplanet som bara har få resurser, så varje stam på planeten har några få krigare, kallade Glatorian, som kämpar för dem. Dessa resurser, som mat och vatten, fördelas därefter. Byborna på den här världen är kända som Agori. Agori utgör tillsammans sex olika stammar, var och en knuten till en region. När Livets mask landar på Bara Magna skapar den en kropp som Mata Nui kan använda. Mata Nui slår sig sedan samman med några Glatorianer för att besegra de kombinerade styrkorna av Skrall och Bone Hunters, två stora hot mot byarna, och letar efter ett sätt att återvända till sin kropp. Med hjälp av sina nya Glatorian- och Agori-vänner avslöjar han en förrädare som kallas Metus och besegrar Skrall och Bone Hunters. Han hjälper världens byar att enas, tar alla de gigantiska robotbitarna och kopplar ihop dem till en stor prototyp av en robotkropp, en kropp som liknar den som Matoranuniversumet befinner sig i.
2010 - Journey's End
Efter att ha besegrat Skrall och sett resten av byarna förenas, står Mata Nui inför utmaningen att ta tillbaka sin gamla kropp från Teridax. Han får veta att han skapades av de stora varelserna på planeten Spherus Magna, som nu är uppdelad i en djungelmåne (Bota Magna), en havsmåne (Aqua Magna) och den återstående ökenplaneten (Bara Magna), som ett resultat av kärnkriget. Mata Nui får också veta att innan han byggdes fanns det en tidigare robot, som Agori använder som sitt hem. En Agori från Tesara vid namn Tarduk hjälper Mata Nui genom att visa honom en urgammal kraftkälla som skulle kunna driva den gamla roboten.
Under denna sista resa återvänder två hjältar för att avsluta kampen: Tahu, som återvänder till sin ursprungliga form för att bära den kraftfulla gyllene rustningen, och Takanuva. De får hjälp av Gresh. De kämpar mot Skakdis krigsherre, Nektann för att besegra Makuta och hans armé, horder av Rahkshi, beväpnade med värmesyn, och Skrall.
Berättelsen fortsätter när styrkorna i både Matoranuniversumet och Glatorian möter det kommande angreppet från Skakdi, Rahkshi och Skrall. Tahu, Gresh och Takanuva samlar in den gyllene rustning som spreds av Makutas explosion från de många fienderna. Tahu besegrar Skakdi-krigsherren Nektann och tar sedan på sig rustningen, som förbränner varje Rahkshi Kraata på Bara Magna.
Teridax hävdar att han kommer att förstöra Bara Magna med gravitationsenergi, tills Mata Nui tvingar sin arm uppåt, vilket gör att Teridax skickar energivågen till månarna ovanför. Mata Nui knuffar Teridax tillbaka in i en av de framrusande månarna, den gröna månen Bota Magna, vars nedslag förstör hans kärnprocessor, vilket dödar Teridax. Mata Nui sörjer sedan i sitt sinne den bror som han kunde ha haft.
Finalen avslutas när Mata Nui använder sin styrka och kraften i livets mask för att samla Spherus Magna igen, för att läka dem som muterats av Pit Mutagen, för att återföra liv till planeten och för att återuppbygga förstörda geografiska områden. Påfrestningen gör att hans kraftkärna försvinner och förstör prototypen av roboten. När Glatorian och Toa upptäcker Ignika oskadad på den plats där Mata Nui var, talar Mata Nui till dem inifrån livets mask. Han säger till dem att framtiden är deras egen och att det är deras att bygga den. Han förblir sedan vilande i Ignika. Agori, Matoran, Toa, Glatorian och alla andra börjar ett nytt liv på Spherus Magna.
Framtiden för Bionicle
Bionicle-leksaksserien avslutades i slutet av 2009, efter att 2010 års uppsättningar hade färdigställts för utgivning, och ersattes sommaren 2010 av Hero Factory, ett Lego-tema som är kompatibelt med Bionicle-uppsättningarna. Men trots detta fortsätter historien i serier skrivna av Greg Farshtey online på BIONICLEstory.com.
