Hillary föddes den 20 juli 1919 i Auckland, Nya Zeeland, som son till Percival Augustus Hillary och Gertrude Hillary, född Clark. Familjen flyttade till Tuakau (söder om Auckland) 1920, efter att hans far (som tjänstgjort på Gallipoli) hade fått mark där. Hans farföräldrar var tidiga bosättare i norra Wairoa i mitten av 1800-talet efter att ha flyttat från Yorkshire, England.
Hillary lärde sig på Tuakau Primary School och sedan Auckland Grammar School. Han slutade grundskolan två år tidigare, men han klarade sig inte särskilt bra i gymnasiet. I början var han mindre än de andra eleverna där och mycket blyg så han kände sig trygg med sina böcker och tänkte ofta på ett liv fyllt av äventyr. Varje dag åkte han tåg till och från gymnasiet, och han använde ofta den tiden till att läsa. Att lära sig att boxas hjälpte honom att bli mer självsäker. Vid 16 års ålder började hans intresse för klättring under en skolresa till Mount Ruapehu. Trots att han var mycket lång, 195 cm, var han starkare än många av sina medvandrare. Han lärde sig matematik och naturvetenskap vid University of Auckland, och 1939 genomförde han sin första viktiga klättring, som gick ut på att nå toppen av ett berg som hette Mount Ollivier. Tillsammans med sin bror Rex blev Hillary biodlare på sommaren, vilket gjorde att han kunde ägna sig åt klättring på vintern.
