Cystein (förkortat Cys eller C) är en α-aminosyra. Den har den kemiska formeln HO2 CCH(NH2 )CH2 SH.

Cystein är en halvessentiell aminosyra, vilket innebär att människan kan tillverka den. Kodonerna UGU och UGC kodar för cystein. Tiolsidokedjan i cystein gör ofta enzymreaktioner som nukleofil. Tiolen oxiderar för att ge disulfidderivatet cystin, som är viktigt i många proteinstrukturer. När cystein används som livsmedelstillsats har den E-nummer E920.