Cheminformatik
Cheminformatik (även kallad kemoinformatik och kemisk informatik) är studiet av stora mängder kemisk information. Det görs oftast med hjälp av datorer. Dessa verktyg används av läkemedelsföretag för att upptäcka nya läkemedel.
Inom Cheminformatics används datavetenskap och informationsteknik för att hjälpa till att lösa kemiska problem. Cheminformatik handlar om algoritmer, databaser och informationssystem, webbteknik, artificiell intelligens och mjuka beräkningar, informations- och beräkningsteori, programvaruteknik, datautvinning, bildbehandling, modellering och simulering, signalbehandling, diskret matematik, kontroll- och systemteori, kretsloppsteori och statistik för att generera ny kunskap om kemi.
Historia
Termen kemoinformatik definierades av F.K. Brown 1998:
Grunderna
Cheminformatik kombinerar de vetenskapliga arbetsområdena kemi och datavetenskap. Cheminformatik kan också tillämpas på dataanalys för pappers-, massa- och färgämnesindustrin.
Använder
Lagring och hämtning
Den primära tillämpningen av cheminformatik är lagring av information om föreningar. Effektiv sökning av sådan lagrad information omfattar ämnen som behandlas inom datavetenskapen som datautvinning och maskininlärning.
Filformat
Datorer representerar kemiska strukturer i specialiserade format, t.ex. det XML-baserade Chemical Markup Language eller SMILES. Vissa format lämpar sig för visuell representation i två eller tre dimensioner, medan andra är mer lämpade för studier av fysiska interaktioner, modellering och dockningsstudier.
Virtuella bibliotek
Kemiska data kan gälla verkliga eller virtuella molekyler. Virtuella föreningar kan användas för att utforska det kemiska utrymmet och förutsäga nya föreningar med önskade egenskaper.
Virtuella bibliotek med klasser av föreningar (läkemedel, naturprodukter, mångfaldsorienterade syntetiska produkter) har nyligen genererats med hjälp av FOG-algoritmen (Fragment Optimized Growth).
Virtuell visning
I stället för att testa de faktiska kemikalierna innebär virtuell screening att man genomsöker föreningar med hjälp av en dator för att identifiera de föreningar som sannolikt har önskade egenskaper, t.ex. biologisk aktivitet mot ett visst mål.
Kvantitativt struktur-aktivitetsförhållande (QSAR)
Det handlar om att förutsäga aktivitet av föreningar utifrån deras struktur. Dessa studier kopplar samman keminofrmatik med kemometri. Kemiska expertsystem är också relevanta. De representerar delar av den kemiska kunskapen i datorer.
Frågor och svar
F: Vad är kemoinformatik?
S: Kemoinformatik är studiet av stora mängder kemisk information med hjälp av datorer.
F: Vilka verktyg används främst inom kemoinformatik?
S: De verktyg som används inom kemoinformatik är datorer.
F: Varför är kemoinformatik viktigt?
S: Kemoinformatik är viktig eftersom den används av läkemedelsföretag för att upptäcka nya läkemedel och för att hjälpa till att lösa kemiska problem.
F: Vad handlar kemoinformatik om?
S: Kemoinformatik handlar om algoritmer, databaser och informationssystem, webbteknik, artificiell intelligens och mjuka beräkningar, informations- och beräkningsteori, programvaruteknik, datautvinning, bildbehandling, modellering och simulering, signalbehandling, diskret matematik, kontroll- och systemteori, kretsloppsteori och statistik.
F: Hur genererar kemoinformatik ny kunskap om kemi?
S: Kemoinformatik genererar ny kunskap om kemi genom att använda datavetenskap och informationsteknik för att analysera kemiska data och lösa kemirelaterade problem.
F: Vad är keminformatik?
S: Cheminformatik är ett annat namn för kemoinformatik.
F: Hur används kemoinformatik för att upptäcka nya läkemedel?
S: Kemoinformatik används av läkemedelsföretag för att analysera stora mängder kemiska data och identifiera mönster som kan användas för att utforma nya läkemedel.
