Flinders Street Stations plattformar är numrerade från norr till söder, med plattform nr 1 längst norrut, och betjänar i allmänhet specifika linjer enligt följande.
Plattform 1: South Morang och Hurstbridge
Plattformar 2 och 3: Belgrave, Glen Waverley och Lilydale
Plattformarna 4 och 5: Alamein, Blackburn-tåg på Belgrave- och Lilydale-linjerna (endast plattform 4 i båda fallen), Cragieburn, Sydenham, Upfield och Werribee.
Plattformar 6 och 7: Cranbourne, Frankston och Pakenham
Plattformar 8 och 9: Sandringham och Williamstown (endast under toppar)
Plattformarna 10 och 12-14: Olika tjänster, beroende på dag och tid.
Observera att den östra änden av plattform nr 1 är betecknad som plattform nr 14, efter rulltrapporna till plattform 1. Plattform 11 är inte längre i bruk och har inga spår.