Metanogener är mikroorganismer som producerar metan som en metabolisk biprodukt under anoxiska förhållanden. Organismerna är arkéer, en annan domän än bakterier. De är vanliga i våtmarker, där de producerar sumpgas.
Metanogener är också vanliga i matsmältningskanalen hos djur som idisslare och människor. Metan sprutas ofta ut.
I marina sediment produceras metan när sulfaterna är låga. Detta sker under de översta lagren. Metanogena archaea-populationer spelar en viktig roll vid anaerob behandling av avloppsvatten. Vissa metanogener är extremofila och finns i miljöer som varma källor och undervattens hydrotermiska skorstenar samt i den "fasta" berggrunden i jordskorpan, kilometer under ytan.
Metanogener omvandlar ättiksyra till metan i en jäsningsprocess. Förväxla dem inte med metanotrofa organismer, som använder metan för att tillgodose sina behov av kol och energi.