San Joaquin-floden är en av de två största floderna i Kalifornien i USA. Med en längd på 530 km är den den näst längsta floden i Kalifornien, efter Sacramentofloden. Den börjar i de västra Sierra Nevada-bergen och rinner väster och norrut till sitt slut i San Francisco Bay, vid Sacramento-San Joaquin-deltat. Dess avrinningsområde, som är cirka 82 879 kvadratkilometer stort, innehåller mestadels jordbruksmark. Floden ger dricksvatten till över 22 miljoner kaliforniska medborgare. Dess tre största bifloder är floderna Merced, Tuolumne och Stanislaus.
Floden var en gång ett av Kaliforniens rikaste flodekosystem. Nu är dock över 97 km av floden torr utom vid översvämningar, eftersom mycket vatten har tagits bort för bevattning. Faktum är att nedanför Friant Dam, en damm som byggdes på 1940-talet på San Joaquin River, är 95 procent av flodflödet torrt. En stor del av floden är förorenad, vilket har förstört den historiska populationen av chinooklax, som en gång var den sydligaste i USA. Bekämpningsmedel, selen och många andra giftiga ämnen transporteras av San Joaquin till San Francisco Bay.
Nu har ett av de största projekten i den amerikanska västvärlden påbörjats för att återställa San Joaquin-floden. Den 13 september 2006 undertecknade Natural Resources Defense Council ett avtal med användarna av Friant-dammen och Förenta staternas inrikesministerium. Avtalet innebär att San Joaquin-floden under dammen återställs och att föroreningarna minskar.
