Fiver, en kanin med en gåva för att se in i framtiden, som bor på Sandleford Warren, ser hur hans hem förstörs av en markentreprenör i framtiden. Han övertalar sin bror Hazel att prata med kaninchefen Threarah om att lämna Warren, men kaninchefen har inte för avsikt att lämna. Hazel, Fiver och nio andra kaniner beger sig då iväg på jakt efter ett nytt hem (vid den tiden enbart på grundval av Fivers drömmar om att ett bra hem väntar dem någonstans långt borta).
De reser genom skogar, fält, över floder och vägar fyllda med hrududu's (bilar) innan tröttheten tvingar dem att stanna vid en kanin som heter Cowslip. Efter många diskussioner går kaninerna med på att stanna i Cowslips lya. Det känns dock fel för dem (särskilt för Fiver) på grund av de andra kaninernas märkliga seder och bruk.
De upptäcker snart att de märkliga beteenden som Cowslips kaniner visar beror på att de bara matas och tas om hand av en bonde så att han kan döda dem en efter en för att få mat. De lämnar Cowslip's varulager, även om Bigwig nästan dör på vägen.
De fortsätter att gå tills de kommer fram till Watership Down, en hög kulle som ligger långt från människan och är full av god mat och säkerhet. Efter en dag eller två på det goda land som Fiver hade lovat dem, utses Hazel till Watership Downs inofficiella kaninchef. Hazel inser dock att det inte finns några honkaniner bland dem, och de kan inte ha ett friskt kaninpar utan honkaniner.
Hazel räddar senare en stor mås som heter Kehaar, som har skadats av en katt. Efter att ha vårdat Kehaar går Keharr med på att hjälpa kaninerna för tillfället i utbyte mot deras vänlighet mot honom. Efter att ha blivit ombedd av Hazel att kolla upp området hittar Kehaar ett stort vargrevir som kallas Efrafa söder om deras position. Efter att ha hört att Efrafa är stort och för trångt skickar Hazel fyra kaniner till Efrafa för att fråga om de kan ta med sig några djur tillbaka till sin hage.
Efrafa, som är ett stort vargrevir med för många kaniner, kontrolleras dock hårt av en kanin vid namn General Woundwort och hans stora militär. Varje kanin får veta när och var de får äta, sova och mycket mer. Ingenting händer utan generalens godkännande, inte ens när de lämnar byggnaden. De fyra kaninerna lyckas med nöd och näppe fly efter att ha spelat ett trick mot en Efrafankapten.
Samtidigt som de fyra kaninerna är i Efrafa leder Hazel en liten grupp som undersöker Kehaars rapport om att det finns en gård med några kaniner i bur, inklusive kaniner med ungar. Efter några räder bryter Watershipkaninerna ut några burkaniner från gården, men Hazel blir skjuten på vägen ut. Fiver har dock en vision om var Hazel är, och Hazel hittas och återfår sin hälsa.
När den försvagade Hassel hör hur Efrafa är beslutar han sig för att befria kaninerna från Efrafa. Alla Watershipkaniner reser försiktigt till Efrafas utkanter. Under förevändning att vara en vandrande ensam kanin infiltrerar Bigwig Efrafa som officer i deras Owsla. I hemlighet hjälper Bigwig dock till att få kaniner att hjälpa till med utbrytningen. Han träffar Hyzenthlay och Thethunninnang, två gör som berättar för honom att om han har en fungerande plan kommer de och några andra kaniner att försöka fly tillsammans med honom.
Efter att nästan ha varit tvungna att slåss mot general Woundwort bryter Bigwig och de andra ut ur Efrafa med Kehaars hjälp. Naturligtvis uppmärksammas denna utbrytning av vakterna, och snart kommer generalen själv och hans lilla armé ikapp Bigwig och de förrymda kaninerna. De kommer undan bara för att Kehaar attackerar Woundwort. Woundwort fortsätter att jaga kaninerna till en bäck, och kaninerna flyr på en liten båt. Två dör på vägen till Watership Down, men de flesta kaniner klarar sig säkert dit.
Kaninerna är glada över att se de nya kaninerna. Men en fältmus varnar kaninerna för att general Woundwort och ett litet anfallsteam är på väg. Generalen attackerar sedan varret under natten när Watership-kaninerna beger sig till sina djupaste hålor och blockerar tunnlarna i ett försök att hålla Efrafanerna borta.
När Fiver befinner sig i en grotta svimmar han när han får för många visioner samtidigt. Under tiden får Hazel en vision om hur Efrafanerna ska stoppas. Hazel säger åt Bigwig att stanna där och slåss och han tar med sig Blackberry och Dandelion ut ur hålan. Hassels plan är att använda hunden på den närliggande Nuthanger-gården för att besegra Efrafanerna.
Hassels plan fungerar, men Bigwig och Hazel skadas i processen. General Woundwort försvinner och syns aldrig mer. Kapten Campion och de andra angriparna åker tillbaka till Efrafa, där Campion blir chefskanin.
Hazel lever ett långt liv som kaninchef i Watership Down, medan hans hägnet har det bra och är fridfullt. Fiver återhämtar sig och Bigwig blir den respekterade vaktkaptenen.
