Yonne är en del av regionen Bourgogne-Franche-Comté. Den har en yta på 7 427,4 km2 (2 868 kvadratkilometer). Den högsta punkten i departementet är Bois de la Pérouse (47°18′57″N 4°1′8″E / 47.31583°N 4.01889°E / 47.31583; 4.01889 (Bois de la Pérouse)), som är 607 m hög.
Avdelningen gränsar till fem avdelningar i fyra regioner:
Den norra delen av departementet består av slätter som ingår i den stora Paris-slätten. Morvanbergen och Auxerroisbergen (regionen runt Auxerre) ligger i den södra delen av departementet.
Den viktigaste floden i departementet är Yonne, en biflod till Seine-floden som rinner genom departementet från söder till norr. Andra floder som rinner genom departementet är floderna Armançon, Loing, Ouanne och Serein.
Klimat
Köppens klimatklassificering för klimatet i Auxerre är "Oceaniskt klimat" (även känt som tempererat havsklimat) och av subtyp "Cfb".
Medeltemperaturen för året i Auxerre är 11,5 °C. Den varmaste månaden i genomsnitt är juli med en genomsnittlig temperatur på 20,2 °C (68,4 °F). Den svalaste månaden i genomsnitt är januari, med en genomsnittlig temperatur på 3,6 °C (38,5 °F).
Den genomsnittliga mängden nederbörd för året i Auxerre är 957,6 mm. Den månad med mest nederbörd i genomsnitt är december med 106,7 mm nederbörd. Den månad med minst nederbörd i genomsnitt är april med ett genomsnitt på 63,5 mm (2,50 tum).