Candidatus: provisorisk taxonomisk etikett för icke-odlingsbara bakterier
Candidatus: lär dig om den provisoriska taxonomiska etiketten för icke-odlingsbara bakterier, hur 16S-sekvensanalys används och när Candidatus-status tilldelas.
Candidatus är en term inom taxonomin (vetenskaplig klassificering) av bakterier.
Det är en etikett som sätts framför namnet på en bakterie som inte kan odlas på en agarplatta eller i någon annan bakteriologisk kultur. Ett exempel är "Candidatus Phytoplasma allocasuarinae". Candidatusstatus kan användas när en art eller ett släkte är väl studerat men inte kan odlas. Numera får man mycket information genom sekvensanalys av 16S ribosomalt RNA.
Vad betyder etiketten?
Candidatus är en provisorisk, informell beteckning som talar om att den beskrivna organismen inte finns som ren, odlad stam som kan deponeras i kulturförråd. Etiketten används för att kunna namnge och diskutera sådana taxon trots att de inte uppfyller formella kriterier för giltig publicering enligt de traditionella reglerna.
När och varför används Candidatus?
Etiketten används framför allt i följande situationer:
- För intracellulära endosymbionter som inte kan växa utanför sin värd.
- För patogener som är svåra eller omöjliga att odla i laboratoriemiljö.
- För organismer som upptäcks genom miljösekvensanalys, metagenomik eller enkelcellsgenomik, där man har genetisk information men ingen ren kultur.
Anledningen till användning är att modern molekylärbiologi (t.ex. analys av 16S-rRNA och hela genom) ger så mycket information att det ofta går att beskriva organismens fylogenetiska ställning, ekologiska roll och ibland även funktioner — trots att odling saknas.
Format, förkortning och skrivsätt
I litteraturen skrivs ofta Candidatus före det vetenskapliga namnet och kan förkortas som Ca.. Själva taksonnamnet följer vanliga konventioner för vetenskapliga namn (genus och artepitet). Eftersom Candidatus är en provisorisk beteckning betraktas det inte som en del av det formellt giltiga namnet enligt den traditionella koden.
Giltighet enligt nomenklaturregler
Candidatus-namn är inte giltigt publicerade enligt International Code of Nomenclature of Prokaryotes (ICNP) eftersom koden kräver deposition av en levande typstam i erkända kulturförråd. Det innebär att sådana namn är informella och inte har samma formella status som namn baserade på odlade stammar.
Samtidigt har utvecklingen av metagenomik lett till alternativa initiativ, till exempel SeqCode, som syftar till att möjliggöra giltig namngivning baserad på högkvalitativa genomsekvenser som typmaterial. Detta är ett område med aktiv debatt och utveckling inom mikrobiell systematik.
Betydelse för forskning och medicin
Användningen av Candidatus är viktig eftersom den låter forskare:
- Kommunicera entydigt om icke-odlingsbara men väl karakteriserade mikrober.
- Spåra ekologiska samband, sjukdomsorsaker och evolutionära förhållanden även utan kulturer.
- Bygga upp referensramar för metagenomiska studier och övervakning av miljö- eller hälsorelaterade problem.
Exempel på taxon med Candidatus-status
- Candidatus Liberibacter asiaticus — associerad med citrusgreening (huanglongbing).
- Candidatus Carsonella ruddii — mycket reducerat genom hos en insektsendosymbiont.
- Candidatus Kuenenia stuttgartiensis — anammox-bakterie viktig för kvävecykeln i vissa miljöer.
- Candidatus Midichloria mitochondrii — intracellulär symbiont i fästingar.
- Candidatus Phytoplasma allocasuarinae — exempel från växtpatogener, som i den ursprungliga texten.
Vad händer om organismen odlas senare?
Om en organism med Candidatus-status senare kan odlas och en typstam deponeras i erkända kulturförråd, kan den formellt beskrivas och publiceras enligt ICNP. Då får den ett giltigt publicerat namn och kan behålla eller få ett nytt (ofta motsvarande) taxonomiskt namn utan Candidatus-prefixet.
Sammanfattningsvis: Candidatus är en praktisk och nödvändig provisorisk etikett som gör det möjligt att namnge, beskriva och diskutera mikrober som ingen ännu lyckats odla, samtidigt som den markerar att namnen inte har full nomenklatorisk giltighet enligt de traditionella reglerna.
Historia
För att en art ska kunna publiceras korrekt måste bakterierna isoleras, odlas, beskrivas och deponeras i en bakteriologisk kultursamling. Vissa bakterier kräver dock särskilda vävnadskulturförhållanden och kan inte hållas i bakteriologiska kultursamlingar. Detta gäller även bakterier som lever inuti andra organismer eller celler. Dessa inkluderar obligat intracellulära patogener och endosymbionter, insektssymbionter och populationer från hav eller slam.
År 1994 publicerade Murray och Schleifer en taxonomisk not. De rekommenderade att den nya kategorin med obestämd rang (Candidatus) skulle inrättas för vissa förmodade taxa som inte kunde beskrivas tillräckligt detaljerat för att motivera inrättandet av ett nytt taxon. De rekommenderade också att en Candidatus-lista skulle upprättas i International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology.
Enligt "IRPCM Phytoplasma/Spiroplasma Working Team - Phytoplasma taxonomy group" ska förkortningen för Candidatus vara Ca.
Frågor och svar
F: Vad är Candidatus?
S: Candidatus är en term som används inom bakterietaxonomin och avser en etikett som sätts framför namnet på en bakterie som inte kan odlas i någon annan bakteriologisk kultur.
F: Vad är syftet med att använda Candidatus?
S: Candidatus-status används när en art eller ett släkte är väl studerat men inte kan odlas.
F: Kan man ge ett exempel på Candidatus?
S: Ja, ett exempel på Candidatus är "Candidatus Phytoplasma allocasuarinae."
F: Varför kan vissa bakterier inte odlas?
S: Vissa bakterier kan inte odlas eftersom de inte kan växa på en agarplatta eller i någon annan bakteriologisk odling.
F: Hur får man mycket information om bakterier nuförtiden?
S: Mycket information om bakterier erhålls genom sekvensanalys av 16S ribosomalt RNA.
F: Används Candidatus för bakterier som inte har studerats särskilt ingående?
S: Nej, Candidatus används för bakterier som har studerats väl men som inte kan odlas.
F: Är Candidatus exklusivt för bakterier?
S: Ja, Candidatus är en term som uteslutande används inom taxonomin för bakterier.
Sök