I slutet av 1999 började Jimmy Wales fundera på ett uppslagsverk på nätet som skulle byggas av frivilliga. I januari 2000 anlitade han Larry Sanger för att förvalta det. Projektet gick online den 9 mars 2000. I november 2000 hade endast två fullständiga artiklar publicerats.
Nupedia var från början ett uppslagsverk med fritt innehåll. Bomis, Jimmy Wales företag, skulle få pengar från annonser på Nupedias webbplats. Till en början använde projektet en licens som Wales och Sanger hade hittat på. Senare började det använda Nupedia Open Content License. I januari 2001 övergick projektet till GNU Free Documentation License. Detta berodde på att Richard Stallman och Free Software Foundation sa att de borde göra det.
I januari 2001 startade Nupedia också Wikipedia. Till en början var det inte tänkt att vara ett uppslagsverk. Istället var det tänkt som ett sidoprojekt som skulle göra det möjligt för människor att arbeta med artiklar för Nupedia innan de granskades av kollegor. I takt med att Wikipedia blev större och lockade nya användare började det fungera utan Nupedia. Det var dock Larry Sanger som först ledde verksamheten på Wikipedia. Detta berodde på att han var huvudredaktör på Nupedia.
Wikipedia ledde till att Nupedia gradvis stängdes. Jimmy Wales beslutade att sluta betala Sanger i december 2001. Sanger lämnade då både Nupedia och Wikipedia. Efter att Sanger lämnat Nupedia blev Nupedia ännu mindre uppmärksammat än Wikipedia. Eftersom Nupedia användes allt mindre, föreslogs ibland att dess artiklar skulle ändras till Wikipediaartiklar. Det genomfördes dock aldrig. Efter att Nupedia stängdes flyttades Nupedias artiklar in i Wikipedia.
