På 1830-talet blev slaveriet en alltmer polariserande fråga i USA. Adams, som länge varit motståndare till slaveriet, använde sin nya roll i kongressen för att bekämpa det, och han blev den mest framstående nationella ledaren som motsatte sig slaveriet. Efter en av sina omvalssegrar sade han att han måste "åstadkomma den dag som profeterats när slaveri och krig ska förvisas från jordens yta". Han skrev i sin privata dagbok år 1820:
Diskussionen om denna Missourifråga har avslöjat deras själars hemlighet. I abstrakt mening medger de att slaveriet är ett ont, de förnekar det och lägger allt på Storbritanniens axel. Men när de undersöks till punkt och pricka i frågan visar de på djupet av sina själar stolthet och fåfänga i sitt tillstånd av herravälde. De ser ner på en yankees enkla uppförande, eftersom han inte har samma vanor av överhöghet som deras och inte kan behandla negrer som hundar. Det är ett av slaveriets onda sidor att det smutsar ner själva källorna till moraliska principer. Det skapar falska bedömningar av dygd och last: för vad kan vara mer falskt och hjärtlöst än denna doktrin som gör mänsklighetens första och heligaste rättigheter beroende av hudfärgen?
År 1836 införde representanthuset, delvis som ett svar på att Adams konsekvent lade fram petitioner från medborgare som krävde att slaveriet skulle avskaffas i Columbia-distriktet, en "munkavle-regel" som innebar att alla petitioner om slaveri omedelbart lades fram. Regeln gynnades av demokrater och sydliga whigs men motsattes i stor utsträckning av nordliga whigs som Adams.
I slutet av 1836 inledde Adams en kampanj för att förlöjliga slavägare och tystnadsplikten. Han försökte ofta presentera petitioner mot slaveriet, ofta på ett sätt som framkallade starka reaktioner från representanter från sydstaterna. Även om munkavelsregeln förblev på plats, väckte den diskussion som antändes av hans handlingar och andras försök att tysta honom frågor om rätten till framställningar, rätten till lagstiftningsdebatt och slaveriets moral. Adams kämpade aktivt mot munkavelsregeln i ytterligare sju år och lade slutligen fram den resolution som ledde till att den upphävdes 1844.
På begäran av Lewis Tappan och Ellis Gray Loring deltog Adams 1841 i målet United States v. The Amistad. Adams gick inför Högsta domstolen på uppdrag av afrikanska slavar som hade gjort uppror och beslagtagit det spanska fartyget Amistad. Adams framträdde den 24 februari 1841 och talade i fyra timmar. Hans argumentation lyckades; domstolen dömde till afrikanernas fördel, som förklarades fria och återvände till sina hem.
