Epigenetik | studiet av förändringar i genaktivitet som inte orsakas av förändringar i DNA-sekvensen
Epigenetik är studiet av förändringar i genaktivitet som inte orsakas av förändringar i DNA-sekvensen. Det är studiet av genuttryck, det sätt på vilket generna åstadkommer sina fenotypiska effekter.
Dessa förändringar i genaktiviteten kan kvarstå under resten av cellens liv. De kan finnas kvar i många generationer av celler, genom celldelningen. Det sker dock ingen förändring i organismens underliggande DNA-sekvens. Istället är det icke-ärftliga faktorer som gör att organismens gener beter sig (uttrycker sig) annorlunda. Epigenetik fungerar genom mekanismer som DNA-metylering.
Epigenetiska faktorer kan finnas kvar i vuxen ålder.
Epigenetiska mekanismer
Definitioner
En allmän definition är "studiet av... genaktivitet under utvecklingen av komplexa organismer". Epigenetik kan alltså användas för att beskriva allt annat än DNA-sekvenser som påverkar en organisms utveckling.
En striktare eller snävare definition är "studiet av mitotiskt och/eller meiotiskt nedärvda förändringar i genernas funktion som inte kan förklaras av förändringar i DNA-sekvensen".
Termen "epigenetik" har använts för att beskriva processer som inte är ärftliga. Ett exempel är histonmodifiering. I vissa definitioner krävs det alltså ingen arvbarhet. Adrian Bird definierade epigenetik som "den strukturella anpassningen av kromosomala regioner för att registrera, signalera eller bevara förändrade aktivitetstillstånd". Denna definition omfattar DNA-reparation eller celldelningsfaser och stabila förändringar över cellgenerationer. Den utesluter andra faktorer, t.ex. prioner, såvida de inte påverkar kromosomfunktionen.
NIH Roadmap Epigenomics Project använder denna definition: "I detta program avser epigenetik både ärftliga förändringar i genaktivitet och genuttryck (i cellers eller individers avkomma) och stabila, långsiktiga förändringar i en cells transkriptionspotential.
År 2008 fastställdes vid ett Cold Spring Harbor-möte en konsensusdefinition av epigenetiska egenskaper: "stabilt ärftlig fenotyp som beror på förändringar i en kromosom utan förändringar i DNA-sekvensen".
En något föråldrad men i övrigt tillförlitlig och läsvärd redogörelse finns i tidningen The Guardian.
Tryckning
Genomisk prägling innebär i detta sammanhang att en gen märks under hela individens livstid. Märkning är den grundläggande operation där cytosinaminosyror får en metylgrupp tillsatt av enzymet DNA-metyltransferas. Detta ändrar genens funktion så att den (vanligtvis) blir mer gynnsam för individen. Vanligtvis stängs genen av.
I allmänhet är fördelen med detta att hålla genproduktionen i det mest gynnsamma tillståndet under den enskilda individens livstid.
Prägning ger för närvarande upphov till mycket medicinsk forskning.
Däggdjur
Prägling verkar ha utvecklats hos djur för bara cirka 150 miljoner år sedan. Det verkar till stor del vara begränsat till däggdjur. Det kan dock ha uppstått separat (och tidigare) hos växter.
Exempel
Det bästa exemplet på epigenetiska förändringar hos eukaryoter är celldifferentieringsprocessen. Under morfogenesen blir generaliserade stamceller till embryots cellinjer som i sin tur blir fullt differentierade celler. Med andra ord delar sig en enda befruktad äggcell - zygoten - och förändras till alla de många celltyperna: neuroner, muskelceller, epitel, blodkärl osv.
När embryot utvecklas aktiveras vissa gener, medan andra stängs av eller dämpas. Denna process kallas genreglering. Det finns många molekyler inne i cellkärnan som gör jobbet med att justera genernas produktion.
DNA och histoner utgör det som kallas kromatin. Epigenetiska förändringar i kromatinet kopieras under celldelningen. Detta ger upphov till en rad celler som alla är likadana. Detta kallas för en vävnad.
Meiosen upphäver de epigenetiska förändringarna och återställer genomet till sitt grundtillstånd, så processen fortsätter i varje ny generation. Det finns några undantag från denna regel, men inget av dessa undantag gäller förändringar av DNA-basparsekvenser.
Denna process skiljer sig från mutationer i DNA. Genetiska mutationer ändrar den primära DNA-sekvensen, och mutationer kan ske i alla celler. Det är dock endast mutationer i celler som är involverade i reproduktionen som kan påverka avkomman.
Former av genetisk prägling har hittats i växter och trådformiga svampar.
Frågor och svar
F: Vad är epigenetik?
S: Epigenetik är studiet av förändringar i genaktivitet som inte orsakas av förändringar i DNA-sekvensen. Det är studiet av genuttryck, eller hur gener åstadkommer sina fenotypiska effekter.
F: Hur länge varar epigenetiska förändringar?
S: Epigenetiska förändringar kan finnas kvar under resten av en cells liv, och kan till och med finnas kvar i många generationer av celler genom celldelning.
F: Förändras den underliggande DNA-sekvensen när epigenetik sker?
S: Nej, det sker ingen förändring av den underliggande DNA-sekvensen i en organism när epigenetik förekommer. Istället får icke-ärftliga faktorer generna att bete sig annorlunda utan att deras genetiska sammansättning förändras.
F: Vilka mekanismer använder epigenetiken för att fungera?
S: Epigenetik fungerar genom mekanismer som DNA-metylering.
F: Fortsätter epigenetiska faktorer i vuxen ålder?
S: Ja, epigenetiska faktorer kan finnas kvar i vuxen ålder.
F: Hur uttrycker sig gener på olika sätt på grund av epigenetik? S: Gener uttrycker sig annorlunda på grund av icke-ärftliga faktorer som gör att de beter sig annorlunda utan att ändra sin genetiska sammansättning.
F: Har varje organism sin egen unika uppsättning epigenetiska processer?
S: Ja, varje organism har sin egen unika uppsättning epigenetiska processer som bestämmer hur dess gener kommer att uttryckas över tid och mellan generationer.
