Eukaryota celler är vanligtvis mycket större än prokaryoter. De kan vara upp till 10 gånger större. Eukaryota celler har många olika inre membran och strukturer som kallas organeller. De har också ett cytoskelett. Cytoskelettet består av mikrotubuli och mikrofilament. Dessa delar är mycket viktiga för cellens form. Eukaryotiskt DNA läggs i buntar som kallas kromosomer, som skiljs åt av en mikrotubulär spindel under celldelningen. De flesta eukaryoter har någon form av sexuell reproduktion genom befruktning, vilket prokaryoter inte använder.
Prokaryoter har inget kön, men de kan överföra DNA till andra bakterier. Deras celldelning är asexuell. Bakteriekonjugering är när bakterier förflyttar ett genetiskt element (ofta en plasmid eller ett transposon) från en bakterie till en annan.
Eukaryoter har uppsättningar av linjära kromosomer i cellkärnan och antalet kromosomer är vanligtvis typiskt för varje art.
Inre membran
I eukaryota celler finns det många saker som är omgivna av membran. Alla tillsammans kallas endomembransystemet. Enkla påsar, som kallas vesiklar eller vakuoler, tillverkas ibland genom att knoppa av andra membran, precis som när barn gör bubblor med sina leksaker. Många celler tar in mat och andra saker med hjälp av något som kallas endocytos. Vid endocytos böjer sig membranet närmast utsidan inåt och klämmer sedan av för att bilda en vesikel. Många andra organeller som har membran började förmodligen som vesiklar.
Kärnan är omgiven av två membran som har hål i sig så att saker och ting kan gå in och ut. Kärnans hölje har saker som sticker ut ur det och som ser ut som rör och ark. Dessa kallas det endoplasmatiska retikulumet som ofta förkortas till ER. ER arbetar med att flytta runt proteiner och låta dem mogna.
ER består av två delar, den grova ER och den mjuka ER. Den grova ER har ribosomer som är fästade vid den. De proteiner som tillverkas av ribosomerna som är fästade vid det grova ER går till insidan av det grova ER, som kallas lumen. Därefter går de vanligen in i vesiklar, som växer och kläms av från det släta ER. I de flesta eukaryoter smälter vesiklarna med proteiner inuti samman med högar av tillplattade vesiklar som kallas Golgikroppar, där proteinerna inuti förändras på nytt.
Vesiklar ändras ibland så att de kan göra en sak mycket bra. Detta kallas specialisering eller differentiering. Lysosomer har till exempel enzymer inuti sig som bryter ner maten som kommer från matvakuoler, och peroxisomer har enzymer som bryter ner peroxid, ett gift, så att det inte längre är giftigt.
Många protozoer har kontraktila vakuoler, dvs. vakuoler som kan smälta samman eller klämmas av från det yttre membranet. Kontraktila vakuoler används ofta för att få och göra sig av med onödigt vatten. Extrusomer skjuter ut saker som får rovdjur att gå iväg eller fångar mat. I flercelliga organismer tillverkas hormoner ofta i vesiklar. I de komplicerade växterna tas det mesta av insidan av en växtcell upp av en central vakuole. Den centrala vakuolen är det som främst upprätthåller det osmotiska trycket så att cellen kan hålla sin form.
