Två av de viktigaste egenskaperna i hjärnan hos personer med Alzheimers sjukdom är neurobrillary tangles (förkortat tangles), som består av ett protein som kallas tau, och senile plack (som till största delen består av ett annat protein som kallas beta-amyloid, de kallas också ibland beta-amyloid-buntar eller förkortat buntar). Tau-proteinerna som bildar trassel höll tidigare ihop en struktur inuti neuronerna som kallas mikrotubuli, som är en viktig del av neuronen; den utgör en del av cytoskelettet (cellskelettet) som är det som upprätthåller cellens form, och mikrotubuli spelar en roll i cellkommunikationen.
Både tangles och plack kan orsakas av andra sjukdomar, t.ex. Herpes simplex-virus typ 1 som undersöks som en möjlig orsak eller bidragande orsak till att utveckla Alzheimers sjukdom. Man vet inte med säkerhet om tangles och plack är en del av det som orsakar Alzheimers sjukdom eller om de är resultatet.
Mikrotubuli 
Mikrotubuli består av ett protein som kallas tubulin. Tubulinet är polymeriserat, vilket innebär att molekylerna bildar samma former om och om igen som kopplas samman i grupper, och dessa grupper kopplas samman. De kan bilda långa kedjor eller andra former; i det här fallet bildar det polymeriserade tubulinet mikrotubuli. Mikrotubuli är styva rör som mikroskopiska sugrör som är ihåliga inuti. Mikrotubuli hjälper till att hålla neuronens form och är inblandade i att skicka signaler genom neuronen.
Tau 
Tau är ett protein som främst finns i neuronerna i det centrala nervsystemet. De hjälper till att hålla ihop mikrotubulerna i neuronerna, och när förändringar sker i hur Tau-proteinerna ska fungera bryts mikrotubulerna sönder. De tau-proteiner som inte längre håller ihop mikrotubulerna bildar strängar som kallas fibriller, som sedan klumpar ihop sig inuti neuronen och bildar så kallade neurofibrillära trassel . Dessa klumpar, som också kallas "tau-tanglar", är allt som återstår efter att en neuron har dött.
| Braak-klassificering av neurofibrillära förändringar i samband med Alzheimers sjukdom. Används för närvarande endast i forskningssyfte. |
| Scen | Neurofibrillära trassel i: | Symtom |
| I/II Transentorhinalt stadium | Transentorhinal region och entorhinal region | Inga symtom |
| III/IV Limbiskt stadium | Hippocampusformationen och delar av det limbiska systemet och amygdala. | Begynnande Alzheimers sjukdom Kognitiva försämringar: minnesproblem, rumslig kognition |
| V/VI Isokortikalt stadium | I hela hjärnbarken | Demens: fullt utvecklad Alzheimers sjukdom |
Beta-amyloid 
Beta-amyloid(Aβ)-plack (även kallat "amyloid beta") börjar med ett protein som kallas amyloidprekursorprotein (APP). APP är ett av de proteiner som utgör en cells membran eller yttre hölje, som skyddar cellen. I det här fallet är det en neuron. När APP tillverkas inuti cellen sticker det ut genom cellens membran.
I olika delar av cellen, inklusive den yttersta delen av cellmembranet, skär kemikalier som kallas enzymer APP i små bitar. Dessa enzymer som gör detta är alfa-sekretas, beta-sekretas och gamma-sekretas. Beroende på vilket enzym som gör avklippningen och vilka delar av APP som avklippas kan två olika saker hända. Ett som är till hjälp och ett som orsakar bildandet av beta-amyloidplack.
Placken bildas när beta-sekretas klipper APP-molekylen i ena änden av beta-amyloidpeptiden och släpper ut sAPPβ från cellen. Gamma-sekretas skär sedan av de bitar av APP som är kvar och, som fortfarande sticker ut ur neuronens membran, i andra änden av beta-amyloidpeptiden. Efter denna klippning släpps beta-amyloidpeptiden ut i utrymmet utanför neuronen och börjar fastna på andra beta-amyloidpeptider. Dessa bitar klibbar ihop och bildar oligomerer. Olika oligomerer i olika storlekar flyter nu runt i utrymmena mellan neuronerna, vilket kan vara ansvarigt för att reagera med receptorer på närliggande celler och synapser, vilket påverkar deras förmåga att fungera.
En del av dessa oligomerer försvinner från hjärnan. De som inte rensas bort klumpar ihop sig med fler bitar av beta-amyloid. När fler bitar klumpar ihop sig blir oligomererna större och större, och nästa storlek kallas protofibriller och nästa storlek efter det kallas fibriller. Efter ett tag klumpar dessa fibriller ihop sig med andra proteinmolekyler, neuroner och icke-nervceller som flyter runt i utrymmet mellan cellerna och bildar så kallade plack.
Cerebral amyloid angiopati (CAA).
Det bildas också beta-amyloidavlagringar i väggarna (i tunica media, det mellersta lagret, och tunica adventitia eller tunica externa, det yttre lagret) i små och medelstora artärer (och ibland vener) i hjärnbarken och leptomeninges (leptomeninges är de två inre lagren - pia mater och arachnoid - av hjärnhinnorna, som är ett skyddande treskiktsmembran som täcker hjärnan).
CAA förekommer hos 30 % av personer över 60 år som inte har någon demenssjukdom, men förekommer hos 90-96 % av personer med Alzheimers sjukdom och är allvarlig i en tredjedel till två tredjedelar av dessa fall.