Konception
Idén om ett offentligt universitet i Kansas Territory nämndes första gången av guvernören Andrew Reeder den 3 juli 1855. Han höll ett tal till medlemmarna i den första territoriella lagstiftande församlingen och sade: "Att gå närmare in på nödvändigheten av allmän utbildning för att skapa en god regering", sade han till lagstiftarna, "skulle i dag vara ett arbete av supererogation, och jag lämnar frågan i era händer, övertygad om att den kommer att få den uppmärksamhet som den förtjänar." Efter hans tal svarade sessionen med att skapa ett system med allmänna skolor för territoriet. De godkände också en stadga för ett "University of the Territory of Kansas", som föreslogs byggas i Douglas, Kansas (nära nuvarande Lecompton). Det föreslagna universitetet byggdes dock aldrig.
Invånarna i Lawrence hade först tänkt sig att öppna ett privat Free-State College i staden när den först byggdes upp. Det var sommaren 1854. Den hösten berättade en av medlemmarna i New England Emigrant Aid Company, Charles Robinson, för kassören Amos Adams Lawrence att invånarna i Lawrence skulle starta ett college så snart som möjligt. Det skulle ligga på toppen av Hogback Ridge (senare känt som Mount Oread). År 1856 hade ännu inget privat college för Lawrence skapats. Folket i Lawrence hoppades dock fortfarande på att skapa ett. De började också hoppas att det senare skulle kunna ändras till delstatens universitet. På juldagen 1856 godkände en grupp viktiga personer i Lawrence ett lagförslag från en affärskommitté. Där stod det att det var dags att skapa en högskola i Lawrence. Femton förvaltare valdes ut för att styra högskolan. De valde genast en kommitté som skulle göra en petition till kongressen om mark. Man uppskattade att 100 000 dollar skulle behövas för att få igång college ordentligt. Man trodde också att nästan alla dessa pengar skulle behöva samlas in utanför Kansas Territory. Territoriets lagstiftare gav i januari 1859 ett privat "University of Lawrence" stadgar. Folket lyckades dock aldrig skapa en privat högskola i Lawrence.
Etablering
År 1859 skrevs det i Wyandotte-konstitutionen - den konstitution som Kansas blev en delstat med - in delar för att skapa ett statligt universitet. Vid det första mötet i Kansas delstatliga lagstiftande församling 1861 antogs ett lagförslag som skulle skapa ett statligt universitet på Manhattan i Kansas. De använde tillgångarna i det befintliga Blue Mont Central College. Lagförslaget fick dock veto av guvernör Charles Robinson från Lawrence. Ett försök att åsidosätta vetot i den lagstiftande församlingen misslyckades med två röster. År 1862 misslyckades ett annat lagförslag om att göra Manhattan till platsen för det statliga universitetet med en röst. Den 16 februari 1863 accepterade delstaten Manhattans erbjudande att donera Blue Mont College-byggnaden och -området och skapade delstatens land-grant college på platsen. Detta skulle komma att bli Kansas State University.
Lagstiftaren ansåg dock att Manhattans land-grant institution var annorlunda än vad ett "statligt universitet" är. Den 20 februari 1863 undertecknade Kansas guvernör Thomas Carney ett lagförslag om att inrätta ett statligt universitet i Lawrence. Lagen sa att om Lawrence ville ha universitetet måste Lawrence ge en donationsfond på 15 000 dollar och en plats för universitetet. Platsen skulle vara i eller nära staden och den måste vara minst fyrtio acres (160 000 m²) stor. Om Lawrence inte gjorde detta skulle Emporia få universitetet i stället för Lawrence.
Platsen för universitetet var en kulle som kallades Mount Oread eller Hogback Ridge. Den ägdes av den tidigare guvernören i Kansas Charles L. Robinson. Robinson och hans hustru Sara bytte det 40 acre (160 000 m2 ) stora området till delstaten Kansas i utbyte mot mark någon annanstans. Filantropen Amos Adams Lawrence gav 10 000 dollar av den nödvändiga donationsfonden. Folket i Lawrence samlade in resterande pengar genom att utfärda sedlar med stöd av guvernör Carney. Den 2 november 1863 sade guvernör Carney att Lawrence hade uppfyllt villkoren för att få det statliga universitetet. Den 1 mars 1864 fick University of Kansas officiellt sin stadga.
Skolans styrelse höll sitt första möte i mars 1865. Det är från denna händelse som KU har sitt ursprung. Arbetet med den första universitetsbyggnaden (Old North College) inleddes senare samma år. Den 19 juli 1866 valde styrelsen KU:s tre första lärare.
University of Kansas öppnade officiellt den 12 september 1866. Det fanns 26 flickor och 29 pojkar registrerade i den förberedande skolan. Skolan började undervisa i klasser på universitetsnivå 1869. Den första klassen (med fyra studenter) tog examen från universitetet 1873. Det var en av de första offentliga högskolorna som tog emot kvinnor och män lika mycket i USA.
Från denna början startade en rivalitet med Kansas State, den äldsta offentliga högskolan i delstaten Kansas.
En av studenterna i början av 1870-talet var författaren och journalisten Frank Harris. I volym 1 av sina memoarer (My Life and Loves, 1922) beskrev han det intellektuella klimatet vid universitetet vid den tiden. Han menade att dess liberala rötter i New England höll på att övertas av konservatism.
I april 1874 gavs skolans första seriösa studentpublikation ut, Observer of Nature. I mars 1878 ledde den tidigare kanslern James Marvin skolans första projekt för att försköna campuset. Över 300 träd planterades, inklusive ett område som nu är känt som "Marvin Grove".
"Rock Chalk Jayhawk"
I maj 1886 föreslog professorn Edgar Henry Summerfield Bailey för första gången den hejaklack som skulle komma att bli "Rock Chalk Jayhawk, K.U."-sången. Baileys version, som ursprungligen skapades för KU:s vetenskapsklubb, var "Rah, Rah, Jayhawk, KU" som upprepades tre gånger. Rahs ersattes senare med "Rock Chalk". Detta är en omskrivning av chalk rock, namnet på den kalksten som finns på Mount Oread, där Lawrence campus ligger. Med tiden blev sången känd över hela världen. USA:s tidigare president Theodore Roosevelt sa att det var den "bästa collegesången han någonsin hört". År 1920 bad Belgiens kung om en normal amerikansk collegesång vid de olympiska spelen. Efter diskussioner kom idrottarna vid spelen överens om Rock Chalk-sången.