Den 24 juli 1844, efter den dominikanska självständigheten, inrättade regeringen fem departement (ett annat namn för provins); ett av dessa departement var El Seibo-departementet, med kommunerna El Seibo, Hato Mayor, Higüey och Samaná. I den första dominikanska konstitutionen bibehölls denna indelning, men som provinser i stället för departement.
Den ursprungliga provinsen omfattade hela den östra delen av Hispaniola, inklusive Samanáhalvön. Men snart minskades provinsen för att bilda nya provinser. De två första nya provinserna som bildades med mark från provinsen El Seibo var Samaná 1865 och San Pedro de Macorís 1882.
År 1961 bildades den gamla provinsen La Altagracia, som senare delades upp i provinserna La Altagracia och La Romana, av provinsen El Seibo. Den sista provinsen som bildades med en del av El Seibo var Hato Mayor 1984.
Människor från denna provins deltog i kriget mot Haiti under självständighetskriget; ledaren var Pedro Santana, som hade en gård i närheten av staden El Seibo och som blev landets första president.
Innan dess kämpade folk från El Seibo mot den franska armén. Det viktigaste slaget var Palo Hincado-slaget som Dominikanerna vann den 7 november 1808 i en savann (Palo Hincado Savanna) strax öster om Santa Cruz del Seibo. Snart var fransmännen tvungna att lämna landet och hela ön; de hade också förlorat Haiti.
Provinsens kommunala distrikt skapades i:
- 1997 : Pedro Sánchez
- 2001 : El Cedro
- 2005 : La Gina
- 2006 : San Francisco-Vicentillo och Santa Lucía