Blixttjuven
Annabeth dyker upp för första gången i Blixttjuven och är tolv år gammal. Hon fick smeknamnet "Wise Girl" av Clarisse, i ett slagsmål av förolämpningar. Namnet var menat som en förolämpning men nu är det ett kärleksfullt smeknamn.
Hon möter Percy Jackson för första gången efter att han attackerats av Minotaurus och tagit sig till Half-Blood Hill. När han såg henne första gången beskrev Percy Annabeth som "söt" med blont hår som var lockigt "som en prinsessa". Efter att Percy har läkt från Minotaurusattacken hör Annabeth att han ska ge sig ut på ett sökande och hon vill följa med, eftersom hon tror att Percy är "den rätte" från The Great Prophecy. Tillsammans går hon, Percy och Grover på jakt efter Zeus stulna blixt. Under hela boken visar Annabeth sin unika intelligens, som hon ärvt från sin mor, och även sin arachnofobi (rädsla för spindlar) som hon delar med alla sina syskon på moderns sida (som härstammar från berättelsen om Arachne och Athena).
Monstrenas hav
Annabeth, Percy och Tyson får inte tillåtelse att ge sig ut på jakt efter det gyllene skinnet för att rädda Thalias tall och hitta Grover som Chirons tillfälliga ersättare, och smyger ut från Camp Half-Blood för att göra det. Under bokens gång avslöjas det att Annabeths största dröm är att göra om hela världen för att förbättra den, rädda Luke (från sig själv) och bli accepterad av sin mor och far. Efter att ha strandat på drottninghäxan Circes ö räddar Annabeth Percy efter att han förvandlats till en marsvin med hjälp av de multivitaminer som Hermes gett dem. Under striden med Polyphemus låtsas Annabeth (samtidigt som hon är osynlig med hjälp av sin Yankee's Cap) att hon är Nobody och distraherar honom tillräckligt länge för att Percy ska kunna besegra honom. Annabeth skadas dödligt under striden men läker med hjälp av det gyllene skinnet.
Titanens förbannelse
Annabeth kidnappas tillsammans med gudinnan Artemis och måste räddas av Percy, Thalia, Grover och jägarna Zoë Nightshade och Bianca di Angelo. I en dröm som Percy har är Annabeth på ett berg och hon ser Luke som håller upp ett svart tak (okänt för Percy är det himlen). Annabeth hjälper honom att hålla det, och sedan glider Luke ut underifrån och får Annabeth att hålla det. Detta används senare för att lura Artemis att hålla himlen, eftersom Artemis inte skulle kunna motstå att hjälpa en jungfru. Till skillnad från de andra böckerna är Annabeths roll ganska liten. Det antyds i den här boken att det kommer att finnas en romantisk framtid för henne och Percy. Afrodite, kärlekens gudinna, övertygade också Percy om hans känslor för Annabeth, även om hon också gjorde det ännu svårare för dem att bli kära. Till slut räddar Percy både Annabeth och Artemis, medan Thalia kämpar mot Luke tills han faller från ett stup.
Slaget om labyrinten
I den här boken är Annabeth fjorton år. Percy och Annabeth hittar en ingång till Labyrinten. Hon inser att Luke kan försöka använda denna ingång för att invadera lägret.
Annabeth leder sökandet in i labyrinten och uppfyller en av sina ambitioner. Hon går in i Labyrinten tillsammans med Percy, Grover och Tyson för att hitta ett sätt att stoppa Kronos onda krafter från att ta sig in i Camp Half-Blood genom att leta efter Labyrintens uppfinnare Daedalus. Profetian som Oraklet gav henne verkar ha skrämt henne och hon vägrar att säga den sista raden. När de går in i Labyrinten möter de många svårigheter. Annabeth möter en sfinx och tycker att gåtorna (som egentligen är faktafrågor) inte är utmanande och en förolämpning mot hennes intellekt. De undkommer sfinxens klor och fortsätter att leta efter Hephaestus så att han kan berätta för dem var de kan hitta Daidalos.
När de beger sig till Hephaestus smedja i Mount St. Helens hittar de telekhiner som tillverkar ett vapen åt Kronos. Percy säger till Annabeth att hon ska fly medan hon kan. Hon kysser honom för tur och de skiljs åt. Annabeth tror att han dör när Mount St. Helens bryter ut, men så är inte fallet. Percy faller på ön Ogygia, fängelse för nymfen Calypso, en dotter till Atlas. När Percy kommer tillbaka till lägret håller Annabeth på att utföra en begravningsritual för honom. När hon märker honom kramar hon om honom och gör en scen. När hon får reda på Calypso blir hon dock mycket svartsjuk. Percy ber sedan en dödlig flicka, Rachel Elizabeth Dare, att hjälpa dem på deras väg genom labyrinten (Rachel har en sällsynt förmåga att se genom dimman). Annabeth blir mycket svartsjuk över hur nära Percy och Rachel kommer varandra. De tre upptäcker Luke, som har blivit Kronos kärl. Efter en strid tvingas Luke tillbaka in i Labyrinten, med två dödsoffer som följd. Annabeth vägrar att tro att Luke är helt dålig och blir ganska arg på Percy för att han säger något annat.
När Annabeth och Percy har slutfört sitt uppdrag står de på Half-Blood Hill och jämför sina mål med profetian.Annabeth avslöjar den sista raden i sin profetia: "Att förlora en kärlek är värre än döden" och är förvirrad, hon är inte säker på om hon har känslor för Luke eller om hon har en hemlig kärlek till Percy. I slutet lämnar hon sin pappa för att gå på en privatskola i San Francisco.
Den sista olympiern
I den sista boken dyker Annabeth upp för första gången när Percy återvänder efter att ha sprängt Kronos skepp, Princess Andromeda. Efter hans ankomst hjälper Annabeth Percy att höra den stora profetian. Percy badar i floden Styx (han undkommer med nöd och näppe genom att föreställa sig att Annabeth drar upp honom ur floden) och ringer Annabeth och säger att hon ska möta honom framför Empire State Building tillsammans med alla halvgudar från Camp Half Blood. När Annabeth och Percy åker till Olympen möter de Hermes, till vilken Annabeth försöker be om ursäkt för att Luke förvandlades till Kronos. Hermes blir arg på henne och ger henne skulden för att hon inte räddade Luke. Hermes går därifrån och de återvänder till de andra lägerdeltagarna för att försvara Manhattan och Olympen. I striden försöker Ethan Nakamura hugga Percy i ryggslutet, hans akillespunkt, men Annabeth hoppar framför honom och tar kniven. Efter några timmars vila går Annabeth, trots att hon fortfarande är svag av giftet, tillbaka in i striden. Kronos åker till Olympen och Grover, Thalia, Percy och Annabeth följer honom. Kronos attackerar Percy, och Annabeth ansluter sig till kampen, men slås ut ur striden när Kronos slår henne in i Athenas tron. Till slut räddar hon Percy och Olympen genom att äntligen inse profetians sanna innebörd. Hon övertalar Percy att ge Luke sin kniv (som hon fick av Luke när hon var sju år) så att han kan hugga sig själv, vilket dödar honom och förvisar Kronos till Tartarus ännu en gång. Hon belönas av gudarna, som låter henne använda sina talanger som arkitekt för att återuppbygga Olympen. Percy Jackson vägrar odödlighet på grund av sina känslor för Annabeth. På Camp Half-Blood i matsalen senare samma dag kysser Annabeth Percy efter att han erkänt sina känslor för henne. Hon varnar honom för att hon aldrig kommer att göra det lätt för honom. Efter detta kysser de varandra under vattnet efter att tjuvlyssnare dumpat dem i kanotsjön.