Enighetskyrkan är en kontroversiell organisation. Vissa säger att det är en sekt med bisarra drag. Sun Myung Moon säger till exempel att han är "Frälsaren, Messias, den återkommande Herren" och använder en kontorsbyggnad i senaten för en kröningsceremoni. Han säger också att hans läror har hjälpt Hitler och Stalin att "återfödas som nya personer". Många länder har erkänt organisationen som en bona fide-religion för juridiska ändamål. Detta innebär att Unification Church måste betala mindre skatt, eller ingen skatt alls.
Vissa tvivlar på organisationens religiösa ursprung. Frederick Sontag, en professor i filosofi vars syn på kyrkan inte längre är gynnsam, har studerat Unification Church i elva månader. Han drog slutsatsen att "en sak är säker: kyrkan har en genuin andlig grund". En tysk domstol kom fram till en liknande slutsats.
Vissa kritiker har sagt att kyrkans huvudsyfte är att främja Moons politiska ambitioner, t.ex. att bilda en världsregering.
B. A. Robinson skrev:
Det finns dock en potentiell negativ sida av medlemskapet i Enighetskyrkan. De hängivna kärnmedlemmarna accepterar en stark disciplin och kan utveckla ett djupt engagemang för kyrkan. De måste vara celibatära före äktenskapet, avstå från tobak och alkohol och arbeta långa dagar. Gruppen kan bli hela deras liv, källan till deras religiösa, kulturella, sociala och andra stödsystem. Om de blir desillusionerade av någon aspekt av kyrkan kan denna minoritet av ovanligt hängivna medlemmar finna det mycket svårt att lämna organisationen och överge dessa stödnätverk. När de lämnar är de ofta arga på sig själva och på kyrkan och anser att de har slösat bort kanske flera år av sitt liv inom gruppen. Detta problem är gemensamt för alla högintensiva trossamfund som kräver ett stort engagemang i gruppen, t.ex. Jehovas vittnen, mormonerna och (för präster och nunnor) den romersk-katolska kyrkan.
Missbruk av pengar
Kritiker pekar på oegentligheter i användningen av pengarna. De framhåller kyrkans roll för att berika Moon personligen. Familjen Moons situation beskrivs som "lyxig och privilegierad" och "överdådig".
Nansook Hong bodde hos familjen Moon i 14 år. Hon beskriver Enighetskyrkan som "en kontant verksamhet". Hon påpekade också att det har förekommit tvivelaktiga penningrörelser, till exempel: "Japanerna hade inga problem med att föra in kontanter i USA; de sa till tulltjänstemännen att de var i Amerika för att spela i Atlantic City. Dessutom var många företag som drevs av kyrkan kontantverksamheter, däribland flera japanska restauranger i New York City. Jag såg leveranser av kontanter från kyrkans högkvarter som gick direkt in i väggsäkerheten i mrs Moons garderob." På 1990-talet hävdade tusentals japanska äldre personer att de blivit lurade på sina livsbesparingar av Moon-anhängarnas andliga försäljning. Moons kyrka var föremål för den största konsumentbedrägeriutredningen i Japans historia 1997 och ett antal efterföljande domstolsbeslut tilldelade hundratals miljoner yen i domar, inklusive 37,6 miljoner yen (300 000 dollar) för att betala två kvinnor som tvingades att donera sina tillgångar till Enighetskyrkan.
Rekrytering och anklagelser om hjärntvätt
I USA på 1970-talet rapporterade medierna om Unificationists rekryteringsmetoder med högtryck och sa att kyrkan separerade sårbara collegestudenter från sina familjer genom hjärntvätt eller tankekontroll.
Moon avfärdade denna kritik och förklarade 1976 att han hade fått många tackbrev från föräldrar vars barn kommit närmare dem efter att ha gått med i rörelsen. (År 1977 lät Moon sätta upp ett meddelande i alla föreningskyrkor i Amerika, med krav på att alla medlemmar skulle skriva till sina familjer minst en gång var tionde dag).
Moon och hans fru förbjöds att resa in i Tyskland och de andra 14 Schengenländerna med motiveringen att de är ledare för en sekt som äventyrar ungdomars personliga och sociala utveckling. Nederländerna och några andra Schengenländer lät Moon och hans fru resa in i sina länder 2005. År 2006 upphävde Tysklands högsta domstol förbudet.
Politisk verksamhet
Kritiker av Enighetskyrkan har anklagat organisationen för att vara nära involverad i hemliga CIA-auktoriserade operationer mot kommunismen i Korea under 1960-talet. Kyrkan är känd för att ha varit inblandad i vapen- och ammunitionstillverkning i Korea sedan 1960-talet, vilket dokumenterades i en rapport från USA:s kongress om Unification Church från 1978. Den förklaring som ges av medlemmar av den koreanska Enighetskyrkan är att alla tillverkare som ville göra affärer i Sydkorea var tvungna att leverera till militären.
Sun Myung Moons kontroversiella religiösa och politiska föreningsrörelse, som inte bara omfattar föreningskyrkan utan också en enorm konstellation av civila organisationer, inklusive Washington Times Foundation, är politiskt allierad med evangeliska kristna som Jerry Falwell och Tim LaHaye. Förespråkare av denna åsikt har ifrågasatt kyrkans skattebefriade status i USA, med argumentet att kyrkorelaterade gruppers politiska verksamhet utgör ett otillåtet intrång för kyrkan på politiska områden.
Rev. Moons otrohet
I sin bok In the Shadow of the Moons från 1998: My Life in the Reverend Sun Myung Moon's Family, sade Nansook Hong, före detta fru till Sun Myung Moon och Hak Ja Hans äldsta son Hyo Jin Moon, att både Sun Myung Moon och Hak Ja Han berättade för henne om Sun Myung Moons utomäktenskapliga affärer (som hon sade att han kallade "providential affairs"), inklusive en som resulterade i att en pojke föddes som uppfostrades av en kyrkoledare, och som Sun Myung Moons dotter Un Jin Moon nämnde i nyhetsprogrammet 60 Minutes.
1993 gav Chung Hwa Pak ut boken Roku Maria no Higeki (Tragedy of the Six Marys) genom Koyu Publishing Co. i Japan. Boken innehöll anklagelser om att Moon genomförde sexritualer bland sex gifta kvinnliga lärjungar ("De sex Maria") som skulle ha förberett vägen för den jungfru som skulle gifta sig med Moon och bli den sanna modern. Chung Hwa Pak hade lämnat rörelsen när boken publicerades och drog senare tillbaka boken från tryckning när han åter anslöt sig till Unification Church. Före sin död publicerade Chung Hwa Pak en andra bok, The Apostate, och tog tillbaka alla anklagelser i Roku Maria no Higeki.
Sydamerika
Myndigheter i Brasilien och Paraguay har uttryckt oro över kyrkans köp av stora markområden i Sydamerika under de senaste åren, som uppgår till hundratusentals hektar.
I maj 2002 genomförde den federala polisen i Brasilien ett antal razzior mot organisationer med anknytning till Sun Myung Moon. I ett uttalande uppgav polisen att razziorna var en del av en omfattande utredning om anklagelser om skatteflykt och brott mot invandringsreglerna som Moons organisation skulle ha begått. Association of Families for Unification and World Peace var målet för razziorna, som ägde rum i Rio de Janeiro, São Paulo och den personliga bostaden för Moons främsta representant i Brasilien, pastor Kim Yoon-sang. År 2008 har den brasilianska regeringen inte vidtagit några rättsliga åtgärder till följd av deras undersökningar.
Anti-homosexuell undervisning
Moon har uttalat sig starkt mot homosexuella aktiviteter. I samtal med kyrkans medlemmar har han jämfört homosexuella med "smutsiga dyngaätande hundar" och profeterat att "homosexuella kommer att elimineras" i en "utrensning på Guds order". Dessa uttalanden kritiserades av grupper för homosexuellas rättigheter.
B. A. Robinson från Ontario Consultants on Religious Tolerance skrev:
Med denna betoning på manligt-kvinnligt sex som den enda giltiga modellen och på heterosexuella äktenskap som det enda idealet är det rimligt att förvänta sig att Enighetskyrkan har en mycket negativ syn på homosexuellt beteende:
- Aktivt homosexuella personer får inte bli medlemmar.
- Aktivt homosexuella personer skulle förbjudas från prästerskapet.
- De flesta kyrkoledare är gifta och har stabila familjer.
- Eftersom de anser att ett förbundet förhållande mellan homosexuella är utanför Guds ideal, hålls inga förlovningsgudstjänster för homosexuella.
- Deras praxis är att hata synden men älska syndaren.
- De ser homosexuellt beteende som en avvikelse från den av Gud centrerade familjen.
