Med "inneboende" menas något som sker eller kommer inifrån ett system eller en organism. Det finns fyra sömnstörningar med cirkadisk rytm av den inneboende typen. Om de inte orsakas av en huvudskada är de vanligtvis genetiska, det vill säga människor föds med dem. De är i allmänhet kroniska; de försvinner inte, men de kan ibland behandlas.
- Avancerat sömnfas-syndrom
Avancerat sömnfasyndrom (ASPS) är mycket sällsynt. Personer med detta syndrom är sömniga mycket tidigt på kvällen och sover från ca 19:00-20:00 på kvällen till ca 03:00-04:00 tidigt på morgonen. Ofta har flera personer i samma familj ASPS.
Fördröjd sömnfas (DSPS) är vanligare än ASPS och drabbar cirka 0,15 % av alla vuxna. Det börjar vanligtvis i tidig barndom eller i puberteten. Vissa fall som börjar i puberteten försvinner när personen är omkring 20 eller 21 år gammal. DSPS är mycket vanligare hos tonåringar än hos vuxna. DSPS hos personer som är äldre än cirka 20 år brukar ha det hela livet, det vill säga det är kroniskt.
Personer med DSPS kan inte somna före 03:00-06:00 på morgonen, eller till och med senare. De kan inte vakna i tid till skolan eller ett arbete som börjar på morgonen. De kan somna vid samma tid varje kväll och gå upp vid samma tid varje dag. Detta innebär att de är entrained (anpassade, synkroniserade) till den dagliga ljus/mörkercykeln. Även när de försöker sova vid "normala" tider känner de sig mest vakna sent på natten.
- Sömn- och vakansyndrom som inte är 24 timmars sömn
Sömn- och vakensyndrom som inte är 24 timmar (Non-24) är ganska sällsynt. Personer med Non-24 har mycket ovanliga sömntider. Deras sömn- och vakentider regleras inte av dagsljuset, de är inte medryckta (anpassade, synkroniserade) till den dagliga ljus/mörkercykeln. Detta kallas för fri sömn.
Den värsta sömnstörningen med cirkadisk rytm hos personer som kan se är Non-24; deras "dagliga" rytm varar 25 timmar eller mer, så de sover och vaknar en eller flera timmar senare varje dag. Aptiten, kroppstemperaturens rytm och hormoncyklerna rör sig hela tiden runt klockan och kommer tillbaka till samma tid efter några veckor.
Ungefär hälften av de helt blinda, som inte kan se något ljus alls, har Non-24. Deras dygnsrytm är inte exakt 24 timmar och den anpassar sig inte till naturens ljus/mörkercykel eftersom de inte kan se ljus. Detta kan ofta behandlas.
- Oregelbunden sömn- och vakenhetsstörning
Oregelbundna sömn- och vakenhetsstörningar är sällsynta, och det är ofta möjligt att ta reda på vad som orsakar dem, till exempel en huvudskada, ett mentalt handikapp, demens eller andra sjukdomar. Personer med denna störning sover och vaknar flera gånger om dagen, men inte vid samma tider varje dag. De sover ungefär 8 timmar per dag men aldrig 8 timmar tillsammans.