Ekologisk genetik är studiet av genetik och evolution i naturliga populationer.

Detta står i kontrast till den klassiska genetiken, som huvudsakligen arbetar med korsningar mellan laboratoriestammar, och DNA-sekvensanalysen, som studerar gener på molekylär nivå.

Forskningen inom ekologisk genetik handlar om egenskaper som är relaterade till fitness och som påverkar en organisms överlevnad och reproduktion. Exempel kan vara: blomningstid, torktolerans, polymorfism, mimik, försvar mot rovdjur.

Forskningen omfattar vanligtvis en blandning av fält- och laboratoriestudier. Prov från naturliga populationer kan tas tillbaka till laboratoriet för att analysera deras genetiska variation. Förändringar i populationerna vid olika tidpunkter och på olika platser noteras, och dödlighetsmönstret i dessa populationer studeras. Forskning görs ofta på insekter och andra organismer som har korta generationstider.