Inom biologin används ordet "stam" i fler än en betydelse, och det är viktigt att skilja mellan dem. I klassisk taksonomi är en stam (på engelska "phylum") en högre hierarkisk nivå som ligger över arten. I mikrobiologi och virologi används däremot "stam" i en annan betydelse: det avser en genetisk variant eller undergrupp inom en art — ofta en population som härstammar från en enskild isolerad cell eller ett klonalt ursprung.
Definition i mikrobiologi
En mikrobiologisk stam är en population mikroorganismer (bakterier, virus, svampar eller protozoer) som har gemensamma genetiska och ofta också fenotypiska egenskaper. Stammar kan skilja sig åt i egenskaper som:
- patogenicitet (sjukdomsalstrande förmåga),
- antikroppsigenkänning eller antigenicitet,
- antibiotika- eller antiviral resistens,
- metaboliska egenskaper och tillväxthastighet.
Hur stammar isoleras och karakteriseras
Stammar isoleras ofta genom att välja en enkel koloni från en odling på en petriskål (agarplatta) eller genom affinitet/kloningstekniker för virus (t.ex. plaque purification). Efter isolering hålls proverna i kontrollerade förhållanden och kan hanteras under särskilda säkerhetsrutiner eller i karantän beroende på smittrisk.
Identifiering och karakterisering av stammar sker med metoder som:
- fenotypiska tester (biokemiska tester, serotypning),
- molekylär typning (PCR, pulsfältgelelektrofores, MLST),
- helgenomsekvensering (WGS) för detaljerad jämförelse och spårning,
- antigeniska analyser för virus.
Exempel och användningsområden
Begreppet "stam" förekommer ofta i olika fält: inom virologi när man talar om olika virusvarianter, i trädgårdsodling och växtförädling där man använder speciella sorter eller stammar av nyttiga mikroorganismer, och i laboratorieförsök där gnagare och andra djur används för studier av specifika mikrobiella stammar. Exempel på stammar är laboratoriestammar (t.ex. E. coli K‑12), kliniska patogena stammar (t.ex. E. coli O157:H7) och resistenta varianter som MRSA hos Staphylococcus aureus.
Betydelse i virologi
I virologin har olika stammar (eller linjer/varianter) avgörande betydelse för epidemiologi, vaccin- och läkemedelsutveckling samt övervakning. Små genetiska förändringar kan påverka smittsamhet, allvarlighetsgrad och hur väl immunsystem eller vacciner kan känna igen viruset. Därför används sekvensering och global övervakning för att upptäcka och klassificera nya stammar eller varianter och för att bedöma deras potentiella risker.
Lagring, registrering och säkerhet
Isolerade stammar kan bevaras långsiktigt genom kryokonservering eller liofilisering och registreras i kulturkollektioner så att andra laboratorier kan få tillgång till välkarakteriserade referensstammar. Hantering av smittsamma eller farliga stammar kräver att laboratoriet följer rätt biosäkerhetsnivåer och regelverk för att skydda personal, miljö och allmänhet.
Sammanfattning: I mikrobiologi avser "stam" en genetisk eller klonal undergrupp inom en art med särskilda egenskaper. Att kunna isolera, identifiera och spåra stammar är centralt för förståelsen av infektionssjukdomar, utveckling av behandlingar och för övervakning av smittsamma agens.