Jones föddes i Smithfield-distriktet i London. Hans far, även kallad Inigo Jones, var en tygarbetare från Wales. Som mycket ung var han snickarlärling vid St Paul's Cathedral. Någon gång före 1603 skickade en rik mecenat (möjligen Earl of Pembroke eller Earl of Rutland) honom till Italien för att studera teckning. Efter Italien reste han till Danmark där han arbetade för kung Christian V med ritningarna till kungens slott Rosenborg och Frederiksborg. När han återvände till England började han arbeta som teaterdesigner och arkitekt. I september 1615 utnämnde kung Karl I Jones till generalinspektör för kungens arbeten. Mellan 1629 och 1635 arbetade han med byggnader i Covent Garden.
Jones karriär som arkitekt på heltid tog slut när det engelska inbördeskriget bröt ut 1642. Englands parlament beslagtog alla kungens hus 1643. Under sina senare år bodde Jones i Somerset House i centrala London. Han dog där den 21 juni 1652. Han begravdes tillsammans med sina föräldrar i St Benet-kyrkan. St Benet's var den walesiska kyrkan i Londons stad.