Ursprungligt förslag
Under 1960-talet ansåg Hongkongs regering att de behövde ta hand om den ökande vägtrafiken som den växande ekonomin i Hongkong skulle medföra. De brittiska transportkonsulterna Freeman, Fox, Wilbur Smith & Associates utsågs att studera Hongkongs transportsystem. Konsulterna publicerade Hong Kong Mass Transport Study i september 1967, där de föreslog att ett underjordiskt järnvägssystem för masstransporter skulle byggas i Hongkong.
År 1970 lades ett underjordiskt nät med fyra linjer ut och planerades som en del av de brittiska konsulternas nya rapport Hong Kong Mass Transit: Further Studies. De fyra linjerna skulle vara Kwun Tong Line, Tsuen Wan Line, Island Line och East Kowloon Line. De linjer som slutligen byggdes var dock något annorlunda jämfört med de linjer som ursprungligen föreslogs i "Hong Kong Mass Transport Study".
1972 godkände Hongkongs regering byggandet av Initial System, ett 20 km långt system som i stort sett motsvarar Kwun Tong Line idag (förutom att linjen nu sträcker sig till Tiu Keng Leng). Förhandlingar med fyra stora byggkonsortier inleddes 1973. Regeringens avsikt var att upphandla hela projektet, baserat på den brittiska konstruktionen, som ett enda anbud till ett fast pris. Ett konsortium från Japan undertecknade ett avtal om att bygga systemet i början av 1974, men i december samma år drog det sig ur avtalet på grund av farhågor om den arabiska oljekrisen.
Modifierat ursprungligt system (Kwun Tong Line/Tsuen Wan Line)
Några veckor senare, i början av 1975, inrättades ett statligt organ som kallades Mass Transport Provisional Authority för att ta hand om projektet. Myndigheten meddelade att det ursprungliga systemet skulle minskas något till 15,6 kilometer och döptes om till det modifierade ursprungliga systemet. Planerna på ett enda kontrakt övergavs också till förmån för 25 tekniska kontrakt och 10 elektriska och mekaniska kontrakt.
Dessutom inrättades det statligt ägda Hong Kong Mass Transit Railway Corporation (MTRC) som ersatte Mass Transport Provisional Authority. (Detta var det företag som efterträddes av MTR Corporation Limited den 30 juni 2000).
Byggandet av det modifierade initiala systemet (som nu ingår i Kwun Tong Line och Tsuen Wan Line) inleddes i november 1975. Efter nästan fyra år var den norra delen färdig den 30 september 1979. Den 1 oktober 1979 invigdes den norra delen med tåg från Shek Kip Mei till Kwun Tong. Sträckan från Tsim Sha Tsui till Shek Kip Mei öppnades i december samma år.
År 1980 korsade ett MTR-tåg för första gången hamnen när Kwun Tong-linjen förlängdes ännu längre till Chater-stationen, som nu kallas Centralstationen. För att hantera det ökande antalet passagerare förlängdes tågen till sex vagnar.
Tsuen Wan Line
Regeringen godkände byggandet av Tsuen Wan Line 1977, som då kallades Tsuen Wan Extension, och arbetena påbörjades i november 1978. Projektet innebar att MTR-systemet utökades med en 10,5 kilometer lång sträcka från Prince Edward till Tsuen Wan. Linjen togs i bruk den 10 maj 1982 och den totala byggkostnaden (ej inflationsjusterad) uppgick till 4,1 miljarder HK-dollar.
När denna linje började trafikeras överfördes avsnittet av Kwun Tong-linjen från Chater till Argyle, nuvarande Mong Kok-stationen, till Tsuen Wan-linjen. Waterloo blev således slutstation för Kwun Tong-linjen, och både Argyle- och Prince Edward-stationerna blev bytesstationer. Denna ändring gjordes eftersom systemplanerarna förväntade sig att trafiken på Tsuen Wan Line skulle överstiga trafiken på Kwun Tong Line. Denna prognos visade sig vara ganska riktig, vilket gjorde det nödvändigt att bygga en förbifart från de nordvästra New Territories till Hong Kong Island. Tung Chung-linjen, som lanserades 1998, tjänar just detta syfte.
Trots att mark förvärvades för en station i Tsuen Wan West byggdes aldrig stationen. Detta ska inte förväxlas med Tsuen Wan West Station på KCR West Rail, som ligger på det nyligen återvunna området nära den tidigare färjepiren.
Det är intressant att notera att sedan linjen öppnades 1982 är detta den enda linje vars sträckning i stort sett har varit densamma under de senaste 23 åren. Kwun Tong-linjens sträckning har till exempel ändrats två gånger sedan öppnandet - när Tsuen Wan-linjen tog över från Mong Kok till Central och när Tseung Kwan O-linjen tog över avsnittet Eastern Harbour Crossing.
Island Line
Regeringen godkände byggandet av Island Line i december 1980. Bygget påbörjades i oktober 1981. Den 31 maj 1985 öppnades Island Line med trafik mellan stationerna Admiralty och Chai Wan. Både Admiralty- och centralstationerna blev bytesstationer med Tsuen Wan Line. Dessutom förlängdes varje tåg till åtta vagnar.
Den 23 maj 1986 nådde trafiken Sheung Wan-stationen. Byggandet av stationen försenades med ett år eftersom regeringskontoren som låg ovanpå stationen måste flyttas till en ny plats innan bygget kunde påbörjas.
Utvidgning av Eastern Harbour Crossing
1984 godkände regeringen byggandet av Eastern Harbour Crossing, en tunnel som skulle användas av bilar och MTR-tåg. Kwun Tong-linjen förlängdes över hamnen till Quarry Bay, som blev en bytesstation för Kwun Tong-linjen och Island Line. Förlängningen inleddes den 5 augusti 1989. En mellanstation, Lam Tin, togs i drift den 1 oktober 1989.
Airport Express och Tung Chung Line
I oktober 1989 fattades beslutet att bygga en ny internationell flygplats i Chek Lap Kok på ön Lantau för att ersätta den överfulla Kai Tak International Airport. Regeringen uppmanade MTR att bygga en tåglinje, som då kallades Lantau Airport Railway, till flygplatsen. Men bygget påbörjades inte förrän de kinesiska och brittiska regeringarna löste sina tvister om ekonomi och mark i november 1994.
I slutändan inkluderades den nya linjen i finansieringsplanerna för den nya internationella flygplatsen i Hongkong, eftersom flygplatsen inte ansågs vara lönsam utan direkta kollektivtrafikförbindelser. Byggkostnaderna delades också av MTR som fick många storskaliga byggnationer i byggplanerna för de nya stationerna.
Lantau Airport Railway blev till två MTR-linjer, Tung Chung Line och Airport Express. Tung Chung-linjen invigdes officiellt den 21 juni 1998 av Hongkongs verkställande direktör Tung Chee Hwa och trafiken inleddes nästa dag. Airport Express öppnade för trafik den 6 juli 1998 tillsammans med den nya internationella flygplatsen i Hongkong.
Airport Express-linjen är det näst mest populära transportmedlet till Hongkongs internationella flygplats. År 2005 tog 22 % av pendlarna Airport Express till och från flygplatsen.
Tseung Kwan O Line
I Quarry Bay Congestion Relief Works ingick att förlänga Hongkong Island-änden av Kwun Tong Line från Quarry Bay till North Point via en 4,2 kilometer lång tunnel. Projektet inleddes på grund av överbelastning vid Quarry Bay och ihållande klagomål från passagerare om den fem minuter långa promenaden från plattformarna på Island Line till plattformen på Kwun Tong Line. Bygget inleddes i september 1997 och avslutades i september 2001 till en kostnad av 3,0 miljarder HK-dollar (385 miljoner US-dollar). Det beprövade och pålitliga arrangemanget för byte mellan plattformarna upprepas här.
Byggandet av Tseung Kwan O Line godkändes den 18 augusti 1998 för att betjäna nya bostadsområden. Byggnationen inleddes den 24 april 1999 och linjen öppnades officiellt 2002, då den tog över de tågspår som går genom Eastern Harbour Tunnel från Kwun Tong Line, som går från Po Lam till North Point. När linjen öppnades omlades Kwun Tong-linjen till Tiu Keng Leng på den nya linjen. Byggkostnaderna täcktes delvis av Hongkongs regering och privata byggherrar som kopplade byggandet av Tseung Kwan O-linjen till nya fastighets- och affärsutvecklingar. Tidigare mindre utvecklade områden öppnades upp för utveckling med fler transportmöjligheter.
Västra järnvägslinjen
Medan byggandet av Tung Chung-linjen fortfarande pågick, började man planera att bygga en järnvägskorridor som skulle betjäna de nordvästra nya territorierna. Man hade reserverat utrymme för att lägga till en växlingsstation och två extra spår (för att möjliggöra nonstop-trafik för Airport Express) mellan Olympic och Lai King. Kontrakten för gränssnittsarbetena för West Rail Line Interface Works, som ursprungligen kallades Airport Railway Phase 2, tilldelades strax efter det att byggnadsarbetena för West Rail påbörjats. Projektet omfattade Mei Foo Interchange (ändring av den befintliga Mei Foo-stationen på Tsuen Wan-linjen för att skapa en fotgängarförbindelse till Mei Foo-stationen på den västra järnvägen), Nam Cheong-stationen (en bytesstation på Tung Chung-linjen, som drivs gemensamt av MTRCL och KCRC) och fyrfältsarbeten (de ytterligare två spåren, som är fyra kilometer långa, gör det möjligt för tågen på Tung Chung-linjen att stanna i Nam Cheong utan att blockera Airport Express-tågens passage).
Arbetena slutfördes i etapper. Tågen på Tung Chung-linjen har omdirigerats till det nya spåret sedan mitten av maj 2003, medan tunnelbanan vid Mei Foo-stationen och Nam Cheong-stationen öppnades samtidigt som West Rail Line öppnades för allmänheten i december 2003. Förlängningen av Kowloon Southern Link från Nam Cheong Station till East Tsim Sha Tsui Station öppnades den 16 augusti 2009, och tågen från West Rail Line slutar nu vid Hung Hom Station, som är en bytesstation för East Rail Line.
Stationer för växlingsstationer
Utbytet mellan Tsuen Wan-linjen och Kwun Tong-linjen, Island-linjen och Tseung Kwan O-linjen samt mellan Kwun Tong-linjen och Tseung Kwan O-linjen är två stationer långa, vilket gör det möjligt att byta mellan olika plattformar när en passagerare lämnar ett tåg på ena sidan av plattformen och går ombord på andra sidan av plattformen för en annan linje. När passagerare till exempel reser på Kwun Tong-linjen mot Tiu Keng Leng, kan de genom att kliva av vid Yau Tong byta tåg på andra sidan plattformen till Tseung Kwan O-linjen mot North Point. Om de däremot stannar kvar på tåget och når Tiu Keng Leng kan de gå ombord på Tseung Kwan O-linjens tåg mot Po Lam/LOHAS Park. Denna utformning gör det bekvämare att byta tåg och passagerarna behöver inte byta till olika nivåer. Detta bytesarrangemang är dock inte tillgängligt för alla resenärer som byter vid stationerna Kowloon Tong, Central, Hong Kong, Nam Cheong (utom vid byte mellan Tuen Mun och tåg som går till Hong Kong), Mei Foo, Tai Wai Station (utom vid avstigning från Ma On Shan Line för att byta sydgående tåg till East Rail Line) och Sunny Bay (utom vid avstigning från Tung Chung-transporter till Disneyland Resort Line), främst på grund av att denna tjänst endast finns tillgänglig när det finns två sammanhängande stationer som delas som bytesstationer av två linjer.
Två stora arbeten har genomförts för att underlätta utbytet mellan Kwun Tong Line och East Rail Line. Ombyggnaden av Kowloon Tong Station inleddes i juni 2001. En ny fotgängarledning till Kowloon Tong-stationens södra hall och en ny ingång (utgång D) öppnades den 15 april 2004 för att klara av det ökade passagerarflödet vid bytet. Ändringen av Tsim Sha Tsui Station innebar en uppgradering av stationsanläggningarna och hallens utformning för att underlätta tillträdet från östra Tsim Sha Tsui Station via dess gångtrafikförbindelser. Nya ingångar till tunnelbanelinjerna öppnades den 19 september 2004 (utgång G) och den 30 mars 2005 (utgång F), och hela projektet avslutades i maj 2005.
Ma On Shan Line
Ma On Shan-linjen byggdes av KCR för att betjäna bostadsområdena Ma On Shan och City One och driften av linjen lades ut på MTR. Systemet löper mestadels på en viadukt mellan vägar med stationer som stannar precis intill större byggnader. Den enda gången tågen inte körs på viadukter är när järnvägen möter motorvägen Route 2, där den går i mitten och sedan höjs tillbaka till en viadukt. Järnvägen skiljer sig något från alla andra järnvägar i Hongkong eftersom tågen går till höger, inte till vänster; detta är för att passagerarna lätt ska kunna byta från Ma On Shan-linjen till East Rail Line mot Hong Hum. Majoriteten av de passagerare som använder linjen kliver av tåget i Tai Wai för att byta till East Rail Line, och använder linjen som en matarledning.
Förlängning av Disneyland
Disneyland Resort Line, som tidigare hette Penny's Bay Rail Link, går till Hong Kong Disneyland Resort som öppnades den 12 september 2005. Trafiken till Sunny Bay-stationen på Tung Chung-linjen inleddes 2005. Den nya linjen och stationen för Disneyland Resort öppnades den 1 augusti 2005. Det är en 3,5 kilometer lång enkelspårig järnväg som går mellan Sunny Bay station och Disneyland Resort station. Själva stationen på Disneyland Resort utformades för att smälta in i miljön på anläggningen. Linjen är för närvarande helt automatiserad, tågen går var fjärde till tionde minut utan förare, och vagnarna byttes ut från den befintliga rullande materielen från M-Train för att matcha den rekreativa och äventyrliga karaktären hos den 3,5 minuter långa resan.
Fortsatt utbyggnad av Airport Express
Den nya stationen AsiaWorld-Expo är en förlängning av Airport Express som betjänar det nya internationella utställningscentret AsiaWorld-Expo på Hongkongs internationella flygplats. Stationen öppnade den 20 december 2005 tillsammans med utställningscentret. För att klara av den förväntade ökningen av antalet besökare har Airport Express-tågen utökats från tidigare sju vagnar till åtta vagnar. Ytterligare tåg kommer också att sättas in på Tung Chung-linjen under större utställningar och evenemang.
Privatisering och sammanslagning
Den 5 oktober 2000 blev operatören av MTR-nätet, MTR Corporation Limited (MTRCL), Hongkongs första järnvägsföretag som privatiserades, vilket markerade början på Hongkongs regerings initiativ att avveckla sina intressen i allmännyttiga företag. Innan det noterades på Hongkongs börs var Mass Transit Railway Corporation (MTRC) helägt av Hongkongs regering. Erbjudandet innebar försäljning av cirka en miljard aktier, och företaget har nu den största aktieägarbasen av alla företag som är noterade i Hongkong. I juni 2001 överfördes MTRCL till Hang Seng Index.
MTRCL har ofta utvecklat fastigheter i anslutning till stationer för att komplettera sin redan lönsamma järnvägsverksamhet. Många nyligen byggda stationer har införlivats i stora bostadsområden eller shoppingkomplex. Tsing Yi-stationen är t.ex. byggd bredvid köpcentret Maritime Square och direkt under bostadsområdet Tierra Verde.
Den 11 april 2006 undertecknade MTRCL ett icke-bindande samförståndsavtal med Hongkongs regering, som äger Kowloon-Canton Railway Corporation, om att slå samman driften av de två järnvägsnäten i Hongkong, trots det starka motståndet från KCRC:s personal. Bolagets minoritetsaktieägare godkände förslaget vid en extra bolagsstämma den 9 oktober 2007, vilket gjorde det möjligt för MTRCL att ta över driften av KCR-nätet och kombinera biljettpriserna för de två näten den 2 december 2007.
Den 2 december 2007 beviljade Kowloon-Canton Railway Corporation (KCRC) MTRCL en 50-årig tjänstekoncession (som kan förlängas) för KCR-nätet, i utbyte mot årliga betalningar till KCRC, vilket innebar att de två bolagens järnvägsverksamhet slogs samman under MTRCL:s ledning. Samtidigt ändrade MTRCL sitt kinesiska namn från "地鐵有限公司" (Subway Limited Company) till "香港鐵路有限公司" (Hong Kong Railway Limited Company), men lämnade det engelska namnet oförändrat. Efter sammanslagningen omfattade MTR-nätet ytterligare tre linjer, East Rail Line, West Rail Line och Ma On Shan Line, samt Light Rail-nätet och Guangdong Through Train till Guangzhou.
Den 28 september 2008 slogs biljettpriserna för alla pendlingslinjer som är före detta KCR samman. En passagerare kan resa på dessa nät med endast en biljett, utom vid omstigning mellan stationerna Tsim Sha Tsui och East Tsim Sha Tsui, där två biljetter krävs. Det utfärdades också studentrabatter på Octopus-kortet.