Massa och sammansättning
Neptunus massa på 10,243×1025 kg placerar planeten mellan jorden och de största gasjättarna; Neptunus har 17 jordmassor men bara 1/18 av Jupiters massa. Neptunus och Uranus anses ofta tillhöra en underklass av gasjättar som kallas "isjättar", med tanke på deras mindre storlek och stora skillnader i sammansättning jämfört med Jupiter och Saturnus. I sökandet efter extrasolära planeter har Neptunus använts som referens för att bestämma den upptäckta planetens storlek och struktur. Vissa upptäckta planeter som har liknande massa som Neptunus kallas ofta för "Neptunus". precis som astronomer hänvisar till olika extrasolära "Jupiters".
Neptunus atmosfär består mestadels av väte och en mindre mängd helium. En liten mängd metan har också upptäckts i atmosfären. Viktiga absorptionsband hos metan förekommer vid våglängder över 600 nm, i den röda och infraröda delen av spektrumet. Denna absorption av rött ljus från atmosfärens metan ger Neptunus sin blå nyans.
Eftersom Neptunus kretsar så långt från solen får den väldigt lite värme, och de översta delarna av atmosfären ligger på -218 °C (55 K). Djupare inne i gaslagren stiger temperaturen dock långsamt. Liksom Uranus är källan till denna uppvärmning okänd, men skillnaderna är större: Neptunus är den planet som befinner sig längst bort från solen, men dess inre energi är tillräckligt stark för att skapa de snabbaste vindarna i solsystemet. Flera möjliga förklaringar har föreslagits, bland annat radiogen uppvärmning från planetens kärna, den fortsatta strålningen ut i rymden av överbliven värme från materia som faller in under planetens födelse och gravitationsvågor som bryts ovanför tropopausen.
Strukturen på Neptunus inre tros vara mycket lik den på Uranus inre. Det finns troligen en kärna, som tros vara ungefär 15 jordmassor, bestående av smält sten och metall omgiven av en blandning av sten, vatten, ammoniak och metan. De tunga trycken håller den isiga delen av denna omgivande blandning som fasta ämnen, trots de höga temperaturerna nära kärnan. Atmosfären, som sträcker sig ungefär 10-20 procent av vägen mot centrum, består mestadels av väte och helium på höga höjder. Mer blandningar av metan, ammoniak och vatten finns i de lägre områdena av atmosfären. Mycket långsamt smälter detta mörkare och varmare område in i det överhettade flytande inre. Trycket i Neptunus centrum är miljontals gånger högre än på jordens yta. En jämförelse mellan dess rotationshastighet och dess grad av avlatens visar att den har sin massa mindre koncentrerad mot centrum till skillnad från Uranus.
Väder och magnetfält
En skillnad mellan Neptunus och Uranus är den meteorologiska aktivitet som har observerats (setts eller mätts). När rymdsonden Voyager flög förbi Uranus 1986 observerades att vindarna på planeten var milda. När Voyager flög förbi Neptunus 1989 observerades kraftiga väderhändelser. Vädret på Neptunus har extremt aktiva stormsystem. Dess atmosfär har de högsta vindhastigheterna i solsystemet, vilket tros drivas av flödet av intern värme. Regelbundna vindar i ekvatorialregionen har hastigheter på omkring 1 200 km/h (750 mph), medan vindar i stormsystem kan nå upp till 2 100 km/h, nästan överljudshastigheter.
1989 upptäcktes den stora mörka fläcken, ett cykloniskt stormsystem som är lika stort som Eurasien, av NASA:s Voyager 2-satellit. Stormen liknade den stora röda fläcken på Jupiter. Den 2 november 1994 såg rymdteleskopet Hubble dock inte den stora mörka fläcken på planeten. I stället upptäcktes en ny storm som liknade den stora mörka fläcken på planetens norra halvklot. Orsaken till att den stora mörka fläcken har försvunnit är okänd. En möjlig teori är att värmeöverföringen från planetens kärna har stört den atmosfäriska balansen och de befintliga cirkulationsmönstren. Scooter är en annan storm, en vit molngrupp längre söderut än den stora mörka fläcken. Den fick sitt smeknamn när den först uppmärksammades under månaderna före Voyagers möte 1989: den rörde sig snabbare än den stora mörka fläcken. Senare bilder visade moln som rörde sig ännu snabbare än Scooter. Wizard's Eye/Dark Spot 2 är en annan sydlig cyklonstorm, den näst starkaste stormen som sågs under mötet 1989. Den var ursprungligen helt mörk, men när Voyager kom närmare planeten utvecklades en ljus kärna som syns på de flesta av de mest högupplösta bilderna.
Till skillnad från andra gasjättar visar Neptunus atmosfär att det finns höga moln som bildar skuggor på det tjocka molndäcket nedanför. Även om Neptunus atmosfär är mycket mer aktiv än Uranus atmosfär består båda planeterna av samma gaser och is. Uranus och Neptunus är inte exakt samma typ av gasjättar som Jupiter och Saturnus, utan är snarare isjättar, vilket innebär att de har en större fast kärna och också består av is. Neptunus är mycket kall, med temperaturer så låga som -224 °C (-372 °F eller 49 K) som uppmättes vid molntopparna 1989.
Neptunus har också likheter med Uranus när det gäller magnetosfären, med ett magnetfält som är kraftigt lutat i förhållande till planetens rotationsaxel på 47° och som är förskjutet minst 0,55 radier (cirka 13 500 kilometer) från planetens fysiska centrum. Genom att jämföra de två planeternas magnetfält tror forskarna att den extrema kursen kan vara karakteristisk för flöden i planetens inre och inte ett resultat av Uranus sidovridning. []