Kärnan är atomens centrum. Den består av nukleoner som kallas protoner och neutroner och är omgiven av elektronmolnet. Kärnans storlek (diameter) är mellan 1,6 fm (10−15 m) (för en proton i lätt väte) och cirka 15 fm (för de tyngsta atomerna, t.ex. uran). Dessa storlekar är mycket mindre än själva atomens storlek med en faktor på cirka 23 000 (uran) till cirka 145 000 (väte). Även om kärnan bara är en mycket liten del av atomen har den största delen av massan. Nästan all massa i en atom består av protoner och neutroner i kärnan. Endast en liten del av massan kommer från de omloppslevande elektronerna.

Neutroner har ingen elektrisk laddning och protoner är positivt laddade. Eftersom kärnan bara består av protoner och neutroner är den positivt laddad. Saker som har samma laddning stöter bort varandra: denna avstötning är en del av det som kallas elektromagnetisk kraft. Om det inte fanns något annat som höll ihop kärnan skulle den inte kunna existera eftersom protonerna skulle trycka sig bort från varandra. Kärnan hålls faktiskt ihop av en annan kraft som kallas den starka kärnkraften.

Ordet "nucleus" kommer från 1704 och betyder "kärnan i en nöt". År 1844 använde Michael Faraday kärnan för att beskriva "den centrala punkten i en atom". Den moderna atomära betydelsen föreslogs av Ernest Rutherford 1912. Användningen av ordet nukleus i atomteorin skedde dock inte omedelbart. År 1916 skrev till exempel Gilbert N. Lewis i sin berömda artikel The Atom and the Molecule att "atomen består av kärnan och en yttre atom eller ett yttre skal".