Cyanobakterier är ett taxon av bakterier som bedriver fotosyntes. De är inte alger, även om de en gång kallades blågrönalger. Det är ett fylum av bakterier med cirka 1 500 arter. Enligt endosymbiontteorin härstammar kloroplaster (plastider) från cyanobakterier. Deras DNA-profil är ett bevis för detta.

Cyanobakterier har en extremt lång fossilhistoria som börjar för minst 3 500 miljoner år sedan. De var de viktigaste organismerna i stromatoliterna under arkeiska och proterozoiska eoner.

Cyanobakteriernas förmåga att utföra syrebaserad fotosyntes är mycket viktig. Den tidiga atmosfären på jorden var till stor del reducerande, det vill säga utan syre. Cyanobakterierna i stromatoliter var de första kända organismerna som kunde fotosyntetisera och producera fritt syre. Efter ungefär en miljard år inledde effekten av denna fotosyntes en enorm förändring av atmosfären. Processen, som kallas den stora syresättningshändelsen, tog lång tid. Så småningom dödade den de flesta organismer som inte kunde leva i syre, och ledde till den typ av miljö som vi känner till idag, där de flesta organismer använder och behöver syre.