En stor del av befolkningen i den oberoende staten Kroatien var inte kroatisk, främst på grund av att Bosnien ingick. Den hade en betydande befolkning av serber (cirka 19 % av Kroatiens befolkning vid den tiden, över 30 % av befolkningen i NDH), bosniska muslimer (den största befolkningsgruppen i Bosnien vid den tiden och över 10 % av befolkningen i NDH), tyskar, ungrare och andra. Katolikerna (främst kroater, tyskar och magyarerna) utgjorde drygt 50 % av de 6,3 miljoner invånarna. Mile Budak, politiker och minister i NDH - även han en kroatisk författare - tog genast tillfället i akt att utropa muslimerna som "bröder" och ville tvinga dem att konvertera till kristendomen. Många kroater håller med om att majoriteten av de bosniska muslimerna i själva verket är kroater som konverterades till islam under turkarnas invasion på 1400-talet.
Många bosniska muslimer accepterade NDH (i många fall tvingades de att acceptera den under straff av att konvertera till kristendomen eller bli avrättade) och engagerade sig omedelbart. Den mest ökända av de islamiska Ustase-divisionerna var den 13:e Waffen Mountain Division of the SS Handschar. För att hedra soldaterna av muslimsk tro byggdes en moské i Zagreb - Kroatiens huvudstad - som kallas "Poglavnikova dzamija" eller Poglavniks moské. Trots Pavelićs försäkringar om jämlikhet med kroaterna blev många muslimer snabbt missnöjda med det kroatiska styret. En muslimsk ledare rapporterade att inte en enda muslim innehade en inflytelserik post i administrationen. Häftiga strider bröt ut mellan Ustaše, tjetniker och jugoslaviska partisaner på NDH:s territorium. Vissa Ustaše-milisenheter blev övertygade om att muslimerna var kommunistsympatisörer och brände deras byar och mördade många civila.
Ustase antog nästan omedelbart raslagar som återspeglade acceptansen av nazitysklands och det fascistiska Italiens ideologi, med tonvikt på kroatiska nationella frågor.
I den första "Rättsliga ordern för försvaret av folket och staten" av den 17 april 1941 föreskrevs dödsstraff för "kränkning av det kroatiska folkets heder och vitala intressen och den oberoende kroatiska statens överlevnad". Den följdes snart upp av "Rättsordning för raser" och "Rättsordning för skydd av ariskt blod och det kroatiska folkets heder" av den 30 april 1941, samt av "Order om inrättande och definition av den raspolitiska kommittén" av den 4 juni 1941. Genomförandet av dessa rättsakter skedde inte bara genom vanliga domstolar utan även genom nya domstolar utanför ordningen och mobila krigsdomstolar med utökad jurisdiktion.
De vanliga fängelserna kunde inte längre hantera antalet nya fångar och Ustaša-regeringen började förbereda det som i juli 1941 skulle bli koncentrationslägret Jasenovac. Regimen skulle så småningom bilda koncentrationsläger på elva olika platser.
Ustaše började genomföra en medveten kampanj med massmord, deportationer och påtvingad religiös konvertering i ett försök att få bort serberna. Judar och zigenare utsattes för total förintelse, dvs. massmord och i mindre utsträckning deportation.
Koncentrationslägret Jasenovac skulle bli en plats där upp till hundratusen människor mördades (vissa uppskattar att detta läger var det tredje största lägret under andra världskriget). Det totala antalet dödsfall i Ustase uppskattas till omkring 600 000 människor, men alla skriftliga dokument förstördes för att dölja detta.
Tillståndet av ständig terror, massmord, våldtäkt på kvinnor och plundring av offrens egendom i Kroatiens självständiga stat tvingade i första hand serberna att göra uppror. Enligt Glaise von Horstenau-rapporterna var Hitler arg på Pavelić, vars politik uppviglade upproret i Kroatien - vilket gjorde att Hitler förlorade möjligheten att engagera Kroatiens självständiga statstyrkor på östfronten. Dessutom var Hitler tvungen att engagera sina styrkor för att slå ner upproret. Därför kallade Hitler Pavelić till sitt krigshögkvarter i Vinica (Ukraina) den 23 september 1942. Pavelić ersatte följaktligen sin minister för de väpnade styrkorna, Slavko Kvaternik, med den mindre nitiske Jure Francetić. För att blidka allmänheten publicerade Pavelić, innan han träffade Hitler, ett "viktigt tillkännagivande från regeringen" ("Važna obavijest Vlade") där han hotade dem som spred nyheter "om obefintliga hot om avväpning av Ustasje-enheterna från företrädare för en främmande makt, om att den kroatiska armén skulle ersättas av en utländsk armé, om möjligheten att en främmande makt skulle gripa makten i Kroatien ...". (Hrvatski narod, 3 september 1942.)
Hans Helm, utsedd chef för Gestapo för den oberoende staten Kroatien, skrev i sin konfidentiella rapport (under rubriken "Basen för partisanfaranerna" - skickad till general Kasche) den 14 januari 1943: "De flesta partisanerna kommer från serberna - på grund av att de är de mest skurkaktiga förföljda .... den nya regimen i Kroatien inledde program för förintelse och förgörelse av serberna, som (programmen) offentligt stöds av de högsta leden i den kroatiska regeringen och (programmen) antas som regeringens främsta mål. Det faktum att ett annat tal kom från den officiella Ustashe-sidan - under trycket från upproret och på grund av händelseutvecklingen - till och med en försoning nämndes - lämnar ingen möjlighet att kompensera den skada som orsakats av till exempel Dr. Mile Budak, den nuvarande (kroatiska) ministern i Berlin ...". Den utnämnde generalen Horstenau skrev i sin rapport: "Ustashe-rörelsen är, på grund av de misstag och grymheter som de har begått och korruptionen, så komprometterad att regeringens exekutiva gren (hemvärnet och polisen) skall skiljas från regeringen - även till priset av att bryta varje möjlig förbindelse med regeringen ...".