Levnadsförhållandena i lägret var fruktansvärda, vilket var vanligt i nazisternas dödsläger. Fångarna fick mycket lite mat, inte tillräckligt med kläder eller skydd för att hålla sig varma, hade ingen hälsovård och misshandlades av Ustaše-vakterna. Dessutom, som i många läger, förbättrades förhållandena tillfälligt när särskilda grupper kom på besök. När till exempel pressmedlemmar besökte lägret i februari 1942 och senare när en delegation från Röda korset besökte lägret i juni 1944 behandlades fångarna bättre tills besökarna lämnade lägret. Därefter återgick levnadsförhållandena till det vanliga.
Livsmedel
Precis som i alla nazisternas dödsläger räckte inte maten till fångarna i Jasenovac till för att hålla dem vid liv. Den typ av mat som de fick förändrades med tiden. I lägret Brocice fick fångarna en "soppa" gjord av varmt vatten med stärkelse till frukost och bönor till lunch och middag. (Dessa "måltider" serverades klockan 6, 12 och 21.) Maten i läger nr III var till en början bättre, med potatis i stället för bönor. I januari började dock fångarna få endast en daglig portion tunn "ropsoppa". I slutet av året hade kosten ändrats igen, till tre dagliga portioner tunn gröt gjord av vatten och stärkelse. Fler ändringar gjordes, men fångarna fick aldrig tillräckligt med mat för att inte svälta.
Vatten
Vattnet i Jasenovac var till och med sämre än i de flesta dödsläger. Det fanns inget rent vatten i lägret. Fångarna tvingades dricka vatten från floden Sava, som var förorenat med hren (pepparrot).
Skydd
I de första lägren, Brocice och Krapje, sov fångarna i vanliga koncentrationslägerbaracker. Dessa var gjorda av trä och hade tre nivåer av kojor.
I läger nr III, som rymde cirka 3 000 fångar, fanns det inte tillräckligt med skydd för alla. Till en början sov fångarna på vindarna i lägrets verkstäder, i en öppen depå som användes som järnvägstunnel eller helt enkelt utomhus i det fria. Kort därefter byggdes åtta baracker. Fångarna sov i sex av dessa baracker. De andra två användes som "klinik" och "sjukhus". Detta var inte platser där fångarna kunde få medicinsk behandling och bli bättre. De var platser där sjuka fångar sattes samman för att dö eller bli dödade.
Tvångsarbete
Som i alla koncentrationsläger fick fångarna i Jasenovac arbeta ungefär 11 timmar om dagen. De utförde hårt tvångsarbete och övervakades alltid av Ustaše-vakterna. Dessa vakter avrättade fångarna även av små skäl och sa att fångarna "saboterade arbetet".
Ustasas Hinko Dominik Picilli och Tihomir Kordić kontrollerade arbetsavdelningen. Picilli piskade personligen fångarna för att få dem att arbeta hårdare. Han delade in "Jasenovacs arbetskraft" i 16 grupper, bland annat grupper av byggnadsarbetare, tegelarbetare, metallarbetare och jordbruksarbetare. Många fångar dog av det hårda arbetet. Tegelarbete var särskilt hårt och farligt. Fångar som arbetade som smeder tvingades till att tillverka knivar och andra vapen åt Ustaše. Att bygga diken var det mest fruktade jobbet av alla.
Sanering
I lägret fanns det inga sanitära anläggningar. Fångarna hade inget sätt att hålla rent och var tvungna att leva under fruktansvärda förhållanden. Blod, spyor och döda kroppar fyllde barackerna. Barackerna var också fulla av skadedjur som löss och råttor som spred sjukdomar. Barackerna luktade fruktansvärt eftersom fångarna var tvungna att använda en hink som toalett på kvällarna. Hinken spillde ofta ut.
Under rasterna från arbetet (kl. 17.00-6.00, kl. 12.00-13.00 och kl. 17.00-20.00) fick fångarna tömma sina tarmar i offentliga latriner. Dessa var stora gropar som låg nakna på den öppna marken och täcktes med träplankor. Fångarna föll ofta i dem och dog. Ustaše uppmuntrade detta genom att låta fångarna separera plankorna. Ibland dränkte Ustaše till och med fångarna i groparna. När det regnade svämmade groparna över och rann ut i sjön. Detta innebar att urin och avföring blandades i det vatten som fångarna var tvungna att dricka.
Fångarna fick trasor och filtar, men de var mycket tunna. Barackerna räckte inte heller till för att hålla fångarna varma i kylan. Fångarnas kläder och filtar rengjordes sällan. Fångarna fick lov att tvätta dem snabbt i sjön en gång i månaden, utom på vintern då sjön frös till is. Då fick fångarna ibland lov att koka några kläder, men inte tillräckligt bra för att få dem rena.
På grund av dessa fruktansvärda levnadsförhållanden drabbades fångarna av sjukdomar som ledde till epidemier av tyfus, tyfus, malaria, lunginfektioner, influensa, dysenteri och difteri.
Egendom
Ustaše tog bort alla fångarnas kläder och andra saker. De fick bara fängelseuniformer, gjorda av trasor. På vintern fick fångarna tunna "regnrockar" och de fick tillverka lätta sandaler. Fångarna fick en liten personlig matskål för de 0,4 liter "soppa" som de fick i mat. En fånge vars skål saknades (eftersom en annan fånge hade stulit den för att använda den som toalett) fick ingen mat.
Under delegationsbesöken fick de intagna dubbelt så stora skålar med skedar som vanligt. Under dessa besök fick de intagna också färgade märken.
Ångest
Fångarna var ständigt rädda för döden och utsattes för en fruktansvärd stress på grund av att de levande och de döda befann sig i en situation där de levande och de döda var mycket nära varandra.
När de först anlände till lägret chockades de intagna av de fruktansvärda förhållandena på resan till lägret och i själva lägret. Ustaše ökade denna chock genom att mörda ett antal fångar så snart de kom till lägret och genom att tillfälligt inhysa nyanlända i lagerlokaler, på vindar, i tågtunneln och utomhus.
Efter att fångarna blivit bekanta med lägerlivet måste de vänja sig vid att leva med andra fångars svårigheter, misshandel, tortyr och död. Dödsrisken var störst under "offentliga föreställningar för offentlig bestraffning", även kallade selektioner. Fångarna ställdes upp i grupper och enskilda personer pekades ut slumpmässigt för att dödas medan de stod inför resten. Ustaše skulle förvärra detta genom att låta processen ta lång tid. De gick runt och ställde frågor, stirrade på fångarna, valde en person, ändrade sig sedan och valde en annan.
Fångarna reagerade på att vara i Jasenovac på två olika sätt. En del blev aktivister. De bildade motståndsrörelser (grupper som försökte bekämpa Ustaše på olika sätt, t.ex. genom att stjäla mat, planera rymningar och revolter och försöka få kontakt med människor utanför lägret). Men de flesta fångarna reagerade genom att bara försöka överleva och ta sig igenom dagen oskadda. Detta var inte att "ställa sig i kö för att slaktas", utan snarare en annan strategi för att försöka överleva.
Alla fångarna led av någon form av psykisk ohälsa. Vissa kunde inte sluta tänka på mat, andra blev paranoida, vissa hade vanföreställningar och vissa förlorade kontrollen över sig själva. Andra tycktes förlora sin känsla av hopp. Vissa fångar reagerade genom att försöka skriva om vad som hände dem. Nikola Nikolić, Djuro Schwartz och Ilija Ivanović försökte till exempel alla memorera och till och med skriva om händelser, datum och detaljer. Detta var mycket farligt, eftersom det var dödsstraff att skriva och det var svårt att spåra datum.
De flesta av avrättningarna av judar i Jasenovac skedde före augusti 1942. Därefter började ISC deportera judiska fångar till koncentrationslägret Auschwitz. I allmänhet skickades judar först till Jasenovac från alla delar av Kroatien efter att ha samlats i Zagreb, och från Bosnien och Hercegovina efter att ha samlats i Sarajevo. Vissa skickades dock direkt till Jasenovac från andra städer och mindre orter.