Varvets historia kan delas in i militärhistoria och kulturell och vetenskaplig historia.
Militär
Marken köptes i enlighet med en kongresslag den 23 juli 1799. Washington Navy Yard inrättades den 2 oktober 1799, det datum då marken överfördes till flottan. Det är den amerikanska flottans äldsta landbas. Varvet byggdes under ledning av Benjamin Stoddert, den förste marinministern, och under överinseende av varvets första kommendant, kommodore Thomas Tingey, som tjänstgjorde i den egenskapen i 29 år.
Den ursprungliga gränsen som fastställdes år 1800 längs 9th och M Street Southeast markeras fortfarande av en vit tegelmur som omger gården på norra och östra sidan. Året därpå köptes ytterligare två tomter. Den norra muren på gården byggdes 1809 tillsammans med ett vakthus, som nu är känt som Latrobe Gate. Efter branden i Washington 1814 rekommenderade Tingey att höjden på den östra muren skulle ökas till tre meter på grund av branden och den efterföljande plundringen.
Varvets södra gräns utgjordes av Anacostiafloden (som då kallades Potomacflodens östra gren). Den västra sidan var ett obebyggt kärr. Marken längs Anacostia utökades med deponier under årens lopp när det blev nödvändigt att öka varvets storlek.
Från och med de första åren blev Washington Navy Yard flottans största anläggning för skeppsbyggnad och fartygsutrustning. 22 fartyg byggdes där, allt från små 21 meter långa kanonbåtar till den 75 meter långa ångfregatten USS Minnesota. USS Constitution kom till varvet 1812 för att rustas upp och förberedas för strid.
Under kriget 1812 var marinvarvet en viktig stödanläggning. Den bidrog också till att försvara huvudstaden mot britterna. Sjömännen vid Navy Yard ingick i den hastigt samlade amerikanska armén som vid Bladensburg i Maryland motsatte sig de brittiska styrkorna som marscherade mot Washington. Navy Yard-seglarna och marinsoldaterna från den närliggande Marine Barracks i Washington, D.C., ingick i den tredje och sista försvarslinjen vid Bladensburg. Tillsammans kämpade de hand i hand med hugg och pikar mot de brittiska reguljära styrkorna innan de blev överväldigade. När britterna marscherade in i Washington blev det omöjligt att hålla Yard. Tingey, som såg röken från det brinnande Capitolium, beordrade att gården skulle brännas för att förhindra att fienden skulle erövra den. Tingeys eget kvarter (nu Quarters A) och Latrobe Gate skonades från lågorna. Båda byggnaderna är nu individuellt listade i National Register of Historic Places.
Efter kriget 1812 återfick Washington Navy Yard aldrig sin betydelse som skeppsbyggnadsanläggning. Vattnet i Anacostia River var för grunt för att rymma större fartyg, och varvet ansågs vara alltför otillgängligt för det öppna havet. Därmed kom en övergång till det som skulle komma att bli varvets karaktär i mer än ett sekel: ammunition och teknik. Varvet hade en av de tidigaste ångmaskinerna i USA och användes för att tillverka ankare, kedjor och ångmaskiner för krigsfartyg.
Under det amerikanska inbördeskriget blev varvet återigen en viktig del av försvaret av Washington. Kommendör Franklin Buchanan avgick från sitt uppdrag för att ansluta sig till konfederationen och lämnade över varvet till kommendör John A. Dahlgren. President Abraham Lincoln, som hade Dahlgren i högsta grad uppskattad, var en flitig besökare. Den berömda järnplattan USS Monitor reparerades på varvet efter sin historiska strid med CSS Virginia. Konspiratörerna till Lincolns mordförsök fördes till varvet efter att de hade tillfångatagits. John Wilkes Booths kropp undersöktes och identifierades på monitorn USS Montauk, som låg förtöjd vid varvet.
Efter kriget fortsatte varvet att vara en plats för tekniska framsteg. År 1886 utsågs varvet till tillverkningscentrum för all krigsmateriel i flottan. Kommendörkapten Theodore F. Jewell var chef för Naval Gun Factory från januari 1893 till februari 1896. Ordnanceproduktionen fortsatte när varvet tillverkade vapen för den stora vita flottan och för marinen under första världskriget. De 14-tums (360 mm) marina järnvägskanoner som användes i Frankrike under första världskriget tillverkades vid varvet.
Under andra världskriget var varvet världens största fabrik för krigsmateriel. De vapen som konstruerades och tillverkades där användes i alla krig som USA deltog i fram till 1960-talet. På sin höjdpunkt bestod varvet av 188 byggnader på 126 acres (0,5 km²) mark och sysselsatte nästan 25 000 personer. Små komponenter för optiska system och enorma 16-tums (410 mm) slagskeppskanoner tillverkades här. I december 1945 döptes varvet om till U.S. Naval Gun Factory. Arbetet med vapen fortsatte under några år efter andra världskriget tills det slutligen avvecklades 1961. Tre år senare, den 1 juli 1964, fick verksamheten ett nytt namn: Washington Navy Yard. De övergivna fabriksbyggnaderna började omvandlas till kontor.
Washington Navy Yard togs upp i National Register of Historic Places 1973 och utsågs till ett nationellt historiskt landmärke den 11 maj 1976.
Det var högkvarter för Marine Corps Historical Center. Det flyttades 2006 till Quantico.
Kulturellt och vetenskapligt
Många vetenskapliga framsteg skedde på Washington Navy Yard. Robert Fulton arbetade på sin klockverkstorped under kriget 1812. År 1822 byggde kommodore John Rodgers landets första marina järnväg för översyn av stora fartyg. John A. Dahlgren utvecklade sin flaskformade kanon som blev den främsta stöttepelaren i marinens artilleri före inbördeskriget. År 1898 utvecklade David W. Taylor en testbassäng för fartygsmodeller som användes av flottan och privata skeppsbyggare för att testa vattnets inverkan på nya skrovkonstruktioner. Den första katapulten för fartygsflygplan testades i Anacostia River 1912. En vindtunnel färdigställdes vid varvet 1916. De gigantiska kugghjulen till Panamakanalens slussar gjöts vid varvet. Teknikerna vid Navy Yard använde sig av medicinska konstruktioner för handproteser och gjutformar för konstgjorda ögon och tänder.
Washington Navy Yard var den ceremoniella porten till landets huvudstad. År 1860 välkomnades den första japanska diplomatiska delegationen till Förenta staterna under en imponerande parad på varvet. Kroppen av den okända soldaten från första världskriget togs emot här. Charles A. Lindbergh återvände till marinvarvet 1927 efter sin berömda transatlantiska flygning. År 1939 ?]besökte Storbritanniens kung George VI, som representerade Dominion Canada,[ varvet under sin vistelse i Washington.
Sedan 2004 finns det en mängd olika verksamheter på marinvarvet. Det är huvudkontor för Naval District Washington och rymmer många stödverksamheter för flottan och flygindustrin. Navy Museum välkomnar besökare till flottans konstsamling. Utställningarna av marinkonst och artefakter visar flottans historia från revolutionskriget till idag. Naval History and Heritage Command är inrymt i ett komplex av byggnader som kallas Dudley Knox Center for Naval History. Leutze Park är platsen för färgstarka ceremonier.
Destroyer USS Barry är ett museifartyg på Washington Navy Yard och är öppet för turister. Barry används ofta för befälsbytesceremonier för marinens kommandocentraler i området.
