Överste i rang
I kongressen hade Sickles anslutit sig till sydstatsdemokraterna och var själv en slaveriförespråkare. Men efter krigsutbrottet blev Sickles plötsligt unionsivrare. Hans sista session i kongressen hade avslutats i mars så Sickles var tillbaka i New York City och praktiserade som advokat när kriget började. I senare versioner av sina motiv för att ansluta sig till unionsarmén uppgav han att han trodde att han bäst kunde tjäna unionen genom att resa ett regemente. Den republikanske presidenten Lincoln behövde stöd från demokraterna och såg tydligen Sickles som en som han kunde använda. Efter att ha rest ett regemente och sedan en brigad, som han kallade Excelsior Brigade, antog Sickles att han skulle få rang av brigadgeneral (en överste beordrade ett regemente medan en brigadgeneral beordrade en brigad). Men officiellt förblev han överste vid det första regementet, trots att han kommenderade hela brigaden. New Yorks guvernör Edwin D. Morgan ansåg att det fanns för många regementen från New York City och beordrade Sickles att upplösa några av regementena. Som ett resultat av detta skulle Sickles inte få en brigadgeneralkommission. Genom att gå runt guvernören åkte Sickles till Washington för att träffa Lincoln. Presidenten gick med på att värva de upplösta regementena som United States Volunteers. Slutligen den 20 juli 1861 fick de order att rapportera till Harpers Ferry i West Virginia. I september nominerades Sickles till brigadgeneral för frivilliga, men hans bekräftelse fördröjdes i flera månader av den amerikanska senaten. Sickles brigad tillbringade större delen av 1861 i nedre Maryland. Sickles besökte ofta Lincolns i Washington under denna tid. I mars 1862 knöts hans kommando till general Joseph Hooker i Potomac-armén. Samma månad avslogs Sickles utnämning till brigadgeneral av senaten. Excelsiors såg sin första strid den månaden. Sickles ledde personligen en rekognoscering. Den 6 april lämnade han Excelsiors för att åka till Washington för att protestera mot att han inte fått utnämningen till brigadgeneral. Medan hans enhet stred i halvöns kampanj stannade Sickles kvar i Washington. Lincoln nominerade honom återigen till general och den 3 maj 1862 bekräftade senaten honom.
Brigadgeneral
Den 24 maj beordrades "brigadgeneral" Sickles att rapportera tillbaka till Hooker. Han fick befälet över Hookers andra brigad. Sickles upplevde sin första större insats i slaget vid Seven Pines. Sickles deltog sedan i Sju dagars slag. Hookers framryckning gick inte bra, delvis på grund av att Sickles brigad hade svårt att ta sig fram genom träsket och sedan mötte tungt konfedererat motstånd. När några av hans män bröt sig loss och sprang bakåt kunde Sickles bara få några få att återvända. Trots detta noterade Hookers rapport Sickles galanthet när han försökte samla sina män. Han stannade inte länge och missade det andra slaget vid Bull Run och slaget vid Antietam, eftersom han var i New York för att rekrytera män till sin brigad. När Ambrose Burnside ersatte George B. McClellan som befälhavare för Army of the Potomac flyttades både Hooker och Sickles upp för att leda större enheter. Sickles hade fortfarande knappt någon erfarenhet från slagfältet men ledde nu Hookers gamla andra division i III Corps. Sickles var upptagen med att få New York-tidningar och Washington-insiders att främja sin image som en stridshärdad, stridande general.
I december 1862, vid slaget vid Fredericksburg, deltog Sickles brigad inte i striden förrän den tredje dagen. Han och hans trupper såg på när unionstrupperna kämpade uppför en kulle mot Lees konfederater. Efter klockan 14.00 på eftermiddagen beordrades Sickles slutligen till fronten. Med sina män i spetsen fann de att slaget till största delen var över i deras sektion. De säkrade sin position mot begränsad krypskytteeld och några skärmytslingar men såg i övrigt inga strider.
Generalmajor
När Burnside ersattes som befälhavare för Potomac-armén flyttades Hooker upp för att ersätta honom. I de nya uppdragen som blev resultatet av förändringen, och trots att han hade liten erfarenhet av slagfältet, fick Sickles tillfälligt befälet över III Corps. Men återigen bekräftade senaten inte hans befordran till generalmajor. Slutligen, den 9 mars (med hans rang tillbaka till den 29 november), bekräftade senaten hans befordran. I slutet av mars var Sickles officiellt generalmajor. Till skillnad från tidigare slag såg Sickles strid vid slaget vid Chancellorsville. När Sickles observerade den konfedererade generalen Stonewall Jacksons flankmanöver, drev han utan order framåt med två tredjedelar av sin kår för att gå efter de konfedererade. Detta lämnade XI kåren på hans högra sida helt isolerad. Jacksons konfedererade gjorde sedan ett förkrossande angrepp på XI kåren. Att Sickles lämnade sin tilldelade position var en viktig faktor för konfederaternas seger. Detta startade en fejd mellan Hooker och Sickles som fortsatte under slaget vid Gettysburg. Hooker gav Sickles skulden för nederlaget vid Chancellorsville.
Gettysburg
Den 27 juni avgick Hooker som befälhavare för Potomac-armén. Bland de kårchefer som föreslogs för att ersätta honom föreslog New York Herald faktiskt Sickles som den bästa befälhavaren för uppdraget. Den 28 juni, tre dagar före slaget vid Gettysburg, utsåg Lincoln general George G. Meade till ersättare för Hooker. Den 1 juli slutade den första dagen med konfedererad seger. Meade arbetade för att snabbt få sina styrkor på plats inför nästa dags slag. Tidigt på morgonen den 2 juli skickade Meade ett meddelande till Sickles med instruktioner om att placera sin 12 000 man starka kår på Cemetery Ridge. Han fick särskilt order att ansluta sig till general Winfield Scott Hancocks II kår på sin högra sida och förlänga sin linje till Little Round Top på sin vänstra sida.
Sickles var inte imponerad av sin nya befälhavare eller hans order. Han red till Meades högkvarter omkring 11.00 på morgonen och väntade på att få träffa Meade. Men befälhavaren var upptagen vid den tidpunkten. Sickles kände sig ignorerad och återvände till sina trupper. Han bestämde sig för att han inte gillade sina order. En mil framför honom låg Emmitsburg Road, som var högre belägen än vad han hade fått i uppdrag att ockupera. Han gillade inte heller att det fanns stenar och träd bland hans linje. Sickles flyttade utan order eller utan att informera de andra kårcheferna sin kår en mil framåt. Detta lämnade Hancocks vänstra flank helt öppen och en stor brytning i linjen där hans kår skulle vara. Den nya position han valde var bredare än den han övergav och han hade inte tillräckligt med män för att täcka den helt. Mitten av hans linje bildade en salient (en rät vinkel i linjen som kunde angripas från två håll). Brigadgeneral Henry Hunt, artillerichefen, inspekterade den nya positionen tillsammans med Sickles och påpekade problemen. Han sade att han måste höra med Meade för att se om de order han gett Sickles kunde ändras. Sickles genomförde ändå förflyttningen. Inom en timme var hela hans III kår nästan utplånad av den konfedererade generalen James Longstreets kår. Sickles själv blev träffad av en kanonkula som krossade hans ben. Han bars av fältet och hans högra ben amputerades några timmar senare. Hans skada kan ha räddat honom från en krigsrätt för olydnad mot order, men hans dagar som fältbefälhavare var slut.