Zooxanthellae
Vissa dinoflagellater är zooxanthellae: endosymbionter av marina eukaryoter och djur som t.ex. antozoiska koraller. Dessa revbyggande koraller är till stor del beroende av dem. Andra organismer som kan vara värdar för zooxanteller är maneter, musslor, foraminifera, havssnäckor, dvs. nakensnäckor, samt ciliater och radiolarier.
Röda tidvatten
Dinoflagellater är ansvariga för "röda tidvatten" som kan förgifta fisk. De blommar ibland i koncentrationer på mer än en miljon celler per milliliter. Vissa arter producerar neurotoxiner, som i sådana mängder dödar fiskar och ackumuleras i filtrerande organismer som skaldjur, som i sin tur kan överföra dem till människor som äter dem. Fenomenet kallas för en röd flodvåg, efter den färg som blomningen ger vattnet. Alla dinoflagellatblomningar är inte farliga. Blåaktigt flimmer som syns i havsvattnet på natten kommer ofta från blomningar av bioluminescerande dinoflagellater, som avger korta ljusblixtar när de störs.
Klassificering
Även om dinoflagellaternas kärnor klassificeras som eukaryoter, saknar de vissa viktiga egenskaper hos eukaryota kärnor. Dodge kallade dinoflagellatkärnan för mesokaryotisk, eftersom den har en mellankaraktär mellan de prokaryotiska bakteriernas upprullade DNA-områden och den väldefinierade eukaryotiska kärnan. Denna grupp innehåller dock typiskt eukaryotiska organeller, såsom golgikomplex, mitokondrier och kloroplaster.
Gruppen innehåller många komplexa organeller och livsformer. Vissa har strukturer som liknar ryggradsdjurens ögon, vissa har nematocystor, vissa lever som plasmodier (flerkärniga former), vissa har två flageller, fotosyntetiska dinoflagellater innehåller en "förbryllande mängd" plastidtyper och hela deras genetik och cellbiologi är excentrisk.
Fossiler
Fossila dinoflagellater är viktiga för stratigrafi, datering och korrelation av lager. Under sin livstid har dinoflagellater en rörlig planktonform och en motståndskraftig cystfas som gör att de kan överleva över vintern i sediment. Endast cystan blir fossiliserad. Deras första säkra framträdande är under silurperioden, med en stor strålning under mesozoikum. s440 De klassificeras som Phylum Dinomastigota av Margulis och kollegor.
