Efter Gondwanas splittring i slutet av Mesozoikum tillbringade Sydamerika större delen av Kainozoikum som en ökontinent.
Dess "fantastiska isolering" gjorde det möjligt för faunan att utvecklas till många former som inte finns någon annanstans på jorden, varav de flesta nu är utdöda.
Tidiga däggdjur
De endemiska däggdjuren bestod ursprungligen av metaterianer (inklusive pungdjur, xenartraner och en varierande grupp sydamerikanska hovdjur).
Marsupialerna verkar ha rest från Sydamerika via Antarktis till Australasien i slutet av kritaperioden eller början av tertiärperioden.
Ratiter (släktingar till sydamerikanska tinamusar) vandrade troligen på denna väg ungefär samtidigt, i riktning från Sydamerika mot Australien/Nya Zeeland.
Andra taxa som kan ha spridits på samma sätt (om inte genom flygning eller forsränning) är papegojor, chelidsköldpaddor och (utdöda) meiolaniidsköldpaddor.
Ett levande sydamerikanskt pungdjur, den lilla Monito del Monte, är närmare släkt med australiensiska pungdjur än med andra sydamerikanska pungdjur. Eftersom det är den mest "basala" (= primitiva) australidelphian vi känner till, har dess grupp förmodligen utvecklats i Sydamerika och sedan koloniserat Australien.
Ett 61 mya gammalt platypusliknande monotreme-fossil från Patagonien kan vara en australiensisk invandrare.
Marsupialerna i Sydamerika omfattade didelphimorphs (opossum), spindelopossum och flera andra små grupper.
Rovdjur
Borhyaeniderna och sabeltanden Thylacosmilus ansågs en gång i tiden vara pungdjur. De är sparassodont metaterianer, systergrupp till pungdjur. Sparassodontierna var de enda sydamerikanska däggdjuren som specialiserade sig som köttätare. Deras relativa ineffektivitet lämnade möjligheter för icke däggdjuriska rovdjur att vara mer framträdande än vanligt (liknande situationen i Australien).
Sparassodonts delade de ekologiska nischerna för stora rovdjur med skräckinjagande, flyglösa "skräckfåglar" (phorusrhacider), vars närmaste bevarade (levande) släktingar är seriemas. Landlevande ziphodont-krokodiler fanns också åtminstone fram till mitten av miocen. Vissa av Sydamerikas vattenlevande krokodiler nådde monstruösa storlekar, med längder på upp till 12 meter.
I himlen över det sena miocena Sydamerika (för 6 Ma sedan) svävade den största kända flygande fågeln, teratorn Argentavis, med ett vingspann på 6 meter eller mer, som delvis kan ha levt av resterna av Thylacosmilus-dödade djur.
Senare växtätare
Xenarthrans är en märklig grupp däggdjur som utvecklade morfologiska anpassningar för specialiserad kost mycket tidigt i sin historia.
Förutom de som finns kvar idag (bältdjur, myrsländor och trädsländor) fanns det en stor variation av större typer, inklusive pampatherer, de ankylosaurieliknande glyptodonterna, olika marksländor, varav vissa nådde elefantstorlek (t.ex. Megatherium), och till och med halvt vattenlevande sländor.
Nötdjur och litopterns hade många märkliga former, några exempel på konvergent evolution.
Båda grupperna började utvecklas under nedre paleocen, möjligen från kondylarterna, diversifierades, minskade före det stora utbytet och dog ut i slutet av pleistocen. Pyrothererna och astrapothererna var också märkliga men var mindre diversifierade och försvann tidigare, långt före utbytet.
Den nordamerikanska faunan var typisk nordisk eutheria (kompletterad med afroteriska proboscider).